PDB-6id3: Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SGPL ( A138S, V18...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6id3

タイトル

Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant H7-SGPL ( A138S, V186G) from the influenza virus A/Anhui/1/2013 (H7N9)

要素

Hemagglutinin HA1 chain
Hemagglutinin HA2 chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / influenza virus / H7N9 / Hemagglutinin

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Gao, G.F. / Xu, Y. / Qi, J.X.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation of Avian H7N9 Influenza Virus Hemagglutinin.
著者: Xu, Y. / Peng, R. / Zhang, W. / Qi, J. / Song, H. / Liu, S. / Wang, H. / Wang, M. / Xiao, H. / Fu, L. / Fan, Z. / Bi, Y. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.

履歴

登録	2018年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6id3.cif.gz	208.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6id3.ent.gz	167 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6id3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6id3_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6id3_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	6id3_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	6id3_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6id3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/6id3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6icwC 6icxC 6icyC 6id2C 6id5C 6id8C 6id9C 6idaC 6idbC 6iddC 6idzC 4kolS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ln4-1 5vjm-1 6d7c-2 4wsx-1 5vjk-1 6n4f-1 6tjy-1 6icx-1 4bsf-1 6v49-d 6icw-1 6idd-2 6ty1-2 4xq5-d 4kpq-d 4bsg-1 4lcx-d 6id9-1 4lki-1 5t6s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain

B: Hemagglutinin HA2 chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, gel filtration
168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.629, 115.629, 294.096
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-618- HOH

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1 chain

分子量: 34967.480 Da / 分子数: 1 / 変異: A138S, V186G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NN21

#2: タンパク質

Hemagglutinin HA2 chain

分子量: 20442.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NN21

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

配列の詳細

Sequence reference R4NN21_9INFA was used according to author's suggestion. Author stated ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 5% v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 23387 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 11.68
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KOL

4kol

解像度: 2.6→41.384 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2746	1190	5.09 %
R_work	0.2478	-	-
obs	0.2492	23382	98.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3704	0	42	78	3824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3824
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	5174
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.649	1427
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5985-2.7168	0.3723	153	0.338	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7168-2.86	0.4058	146	0.3213	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.0391	0.3342	128	0.2929	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0391-3.2737	0.253	136	0.2766	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2737-3.603	0.3061	147	0.2575	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.603-4.1239	0.2559	153	0.2206	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1239-5.1941	0.2489	165	0.2116	2731	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1941-41.3895	0.2446	162	0.2358	2738	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3018	0.0133	-0.271	0.7978	-0.2503	1.2323	0.026	-1.0293	0.2331	0.6799	0.0511	-0.0174	0.2977	0.8496	0.0855	0.8382	0.0878	-0.1601	0.9801	-0.0075	0.4732	-42.4611	24.4867	37.3746
2	1.4601	0.616	-0.1739	1.967	-0.1043	2.6762	-0.1928	0.3718	-0.0273	-0.371	0.3251	-0.1362	-0.1138	-0.2191	-0.2254	0.3349	-0.0627	0.071	0.2967	-0.0163	0.4298	-53.777	10.3258	-12.4445
3	1.0689	0.2729	-0.5341	1.6472	-0.7001	2.4487	-0.2449	1.1416	-0.3768	-0.9285	0.9119	0.2443	-0.132	-0.1287	-0.1929	0.8801	-0.3905	-0.0018	0.8584	0.131	0.3964	-58.9422	11.5098	-31.3525
4	1.9966	0.046	0.369	0.9053	1.145	1.5072	-0.3018	0.7693	0.3182	-0.1857	0.9063	0.3293	-0.7099	0.0479	0.0163	1.4978	-0.174	0.2014	0.7714	0.4257	0.7476	-59.0749	23.2245	-35.1604
5	1.4725	1.7877	-0.2316	2.9215	-0.6708	3.0683	0.0768	1.1459	0.3546	-0.6585	0.9785	0.7766	-0.5172	-0.1421	-0.3284	1.024	-0.1893	0.0463	0.7529	0.2176	0.5469	-57.8947	18.9423	-28.3998
6	1.282	0.3113	0.3007	0.9009	-0.277	1.082	-0.0974	0.0145	-0.2024	-0.0604	0.2303	-0.1833	-0.0658	-0.1541	-0.0898	0.3468	-0.06	0.0235	0.2621	0.0312	0.4073	-53.7955	8.7983	-1.8718
7	1.856	0.0871	-0.3479	1.2282	0.4944	2.1278	-0.14	-0.331	-0.0693	0.2616	0.1407	-0.1689	0.2361	0.2379	-0.1603	0.3923	0.0431	0.0045	0.3916	0.0017	0.4216	-46.8094	21.041	18.352
8	1.834	0.4194	0.0354	0.6125	-1.088	2.8998	0.0474	-0.6866	-0.1596	0.673	-0.323	-0.1729	0.2577	0.8866	0.2583	1.1557	0.0453	-0.087	0.9188	0.208	0.5751	-50.649	16.8505	40.2054
9	1.3524	0.1321	0.2316	1.3792	-0.1397	0.5708	-0.1098	-0.3545	-0.0541	0.2055	-0.0292	-0.1871	0.026	-0.2795	0.1376	0.3463	0.0786	-0.0203	0.3854	0.0147	0.4275	-52.0608	28.3913	21.2177
10	0.6255	0.1482	-0.0106	1.9148	-1.124	0.6608	0.0313	-0.7802	-0.1639	1.0264	-0.045	0.4751	0.4094	-0.0032	-0.3475	1.8829	0.039	-0.1507	1.759	0.2427	0.4504	-54.2874	20.2946	67.4743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 175 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 176 through 204 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 205 through 246 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 247 through 275 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 276 through 316 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 330 through 386 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 387 through 446 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 447 through 490 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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