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- PDB-5j3y: Crystal structure of S. pombe Dcp2:Dcp1 mRNA decapping complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j3y
タイトルCrystal structure of S. pombe Dcp2:Dcp1 mRNA decapping complex
要素
  • mRNA decapping complex subunit 2
  • mRNA-decapping enzyme subunit 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / decapping / mRNA decay / EVH1 / Nudix
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA cap binding / : ...mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / 加水分解酵素 / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA cap binding / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / P-body / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / manganese ion binding / single-stranded RNA binding / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) ...mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / NUDIX domain / PH-domain like / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA decapping complex subunit 2 / mRNA-decapping enzyme subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.288 Å
データ登録者Valkov, E. / Muthukumar, S. / Chang, C.T. / Jonas, S. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Dcp2-Dcp1 mRNA-decapping complex in the activated conformation.
著者: Valkov, E. / Muthukumar, S. / Chang, C.T. / Jonas, S. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA-decapping enzyme subunit 1
B: mRNA decapping complex subunit 2
C: mRNA-decapping enzyme subunit 1
D: mRNA decapping complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3884
ポリマ－87,3884
非ポリマー00
水0
1
A: mRNA-decapping enzyme subunit 1
B: mRNA decapping complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6942
ポリマ－43,6942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: mRNA-decapping enzyme subunit 1
D: mRNA decapping complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6942
ポリマ－43,6942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.362, 124.362, 366.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 mRNA-decapping enzyme subunit 1


分子量: 15294.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: dcp1, SPBC3B9.21 / プラスミド: pnEApG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: Q9P805
#2: タンパク質 mRNA decapping complex subunit 2


分子量: 28399.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: dcp2, SPAC19A8.12 / プラスミド: pnYC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star
参照: UniProt: O13828, 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/NaOH (pH 6.5), 0.2 M ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG 5000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→47.4 Å / Num. obs: 26491 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 112 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.136 / Net I/av σ(I): 2.9 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.29→3.47 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2283: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QKM

2qkm


解像度: 3.288→47.444 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1321 5.01 %
Rwork0.2244 --
obs0.2258 26390 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.288→47.444 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6021 0 0 0 6021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3998331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6783714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041895
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2877-3.41930.33761380.30862614X-RAY DIFFRACTION96
3.4193-3.57490.31971440.27842737X-RAY DIFFRACTION100
3.5749-3.76330.28791450.24172740X-RAY DIFFRACTION100
3.7633-3.9990.24331440.22942739X-RAY DIFFRACTION100
3.999-4.30760.22961460.2222760X-RAY DIFFRACTION100
4.3076-4.74070.22321450.1962767X-RAY DIFFRACTION100
4.7407-5.42580.2411470.19292818X-RAY DIFFRACTION100
5.4258-6.83270.23881510.25372849X-RAY DIFFRACTION100
6.8327-47.44850.25681610.21523045X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.50312.6686-1.0844.55281.16742.1536-0.471-0.30970.4243-0.4306-0.06070.4324-0.23890.95550.43061.49510.39020.01581.16590.18881.164242.50744.82-45.0576
29.5292-0.1511-0.7795.65671.40764.23710.22251.01620.0076-0.3928-0.58921.60920.3509-0.2545-0.0341.31290.41090.05420.6142-0.1981.342826.66620.3484-42.7143
30.4321-1.9798-0.05259.53982.18367.9555-0.342-0.3826-0.3313-0.0341-0.43373.2378-0.3161-1.91640.55871.620.75070.30551.51770.12372.900214.6552-9.8871-34.4254
43.9645-0.7929-1.27788.6401-5.66695.42930.71150.44670.2937-2.3768-0.04890.37830.85530.735-0.4171.65340.37130.18610.5848-0.0781.235328.34953.3822-44.8119
57.6088-2.3832-0.16112.1113-1.27515.2276-0.10320.6426-0.4852-0.2362-1.0192-0.03550.2850.1387-1.50821.09790.40910.11890.5784-0.13931.159525.58421.5941-48.9315
65.24223.7327-1.82484.1457-2.27122.72930.5343-0.18260.1522-1.5215-0.25620.72951.26130.2305-0.17721.29750.3975-0.06210.958-0.25881.49320.4572-0.5612-43.1541
75.15385.42752.82345.82532.18047.2450.38450.8942-0.79721.50341.2039-0.99762.80690.3517-1.73891.14180.08810.15550.7643-0.26341.5513.7618-0.4098-39.3736
87.74265.7124-5.56246.6038-4.76424.1789-1.1539-2.10360.32851.4899-0.231.5456-0.99810.14861.07231.60790.4650.36840.89290.08861.779622.31910.234-32.8078
94.9015-0.1986-0.70694.8265-5.56817.0486-0.4649-1.32890.9229-0.28870.55931.7706-3.88330.8437-0.1242.36630.24440.05851.1644-0.0961.449522.318210.8818-37.4398
108.13383.4364-2.99545.9015-0.15612.09730.1651.34451.0598-1.123-0.37840.13560.66730.43750.08431.65310.55470.07561.0510.27611.043840.1786-9.3936-47.3771
117.832-1.61860.92562.9312.37993.3794-0.3256-0.5917-0.2174-0.1623-0.91590.12620.39410.5321.01091.64880.47150.1551.050.1510.968540.7742-7.5494-32.7421
124.9152.26234.13797.1339-0.39476.2137-0.35080.6351-1.6515-0.43010.0489-0.28730.79871.1773-0.09061.32230.75190.29371.54280.04071.072146.1328-15.0387-42.8497
136.21962.6177-2.78815.73620.34812.7695-0.4747-0.03471.36840.7577-0.3577-1.10440.56322.14270.68161.40060.26740.15831.49420.41561.483853.0952-4.7221-29.8111
143.07641.560.83027.64211.03457.14340.25280.2195-0.0520.6434-0.24821.39650.336-0.7127-0.11081.16560.42160.17481.041-0.13831.247435.2109-33.8734-28.8117
154.8252-4.63880.52374.6546-0.44820.07030.09290.31090.86670.4773-0.2844-0.5714-0.8903-0.2941-0.29261.50.5220.29670.729-0.00071.143442.7671-28.082-30.3691
167.5489-3.79330.83887.11171.15377.83260.017-0.0459-0.34-0.1816-0.60921.47290.22-1.95310.46871.03750.26690.01621.3557-0.23821.703927.0359-38.3648-35.1353
175.47552.29183.65944.1103-2.69428.4839-0.20021.5244-0.1033-1.3541-0.65872.02790.237-0.16020.89221.83950.5208-0.40091.0417-0.33471.325834.82-27.2884-47.3549
189.6687-4.2801-5.08929.93255.31024.2333-0.227-0.12380.0491-1.27430.7092-1.3832-0.73390.4935-0.39581.32840.46-0.05671.0208-0.18550.901347.2381-37.7932-41.9268
195.505-4.7538-6.0589.3144.51959.59-0.6131-0.88210.1903-0.30560.670.9296-1.15950.9842-0.14371.4892-0.4758-0.33231.80470.32431.628456.2604-10.737512.9714
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218.0636-2.28666.05089.79855.30189.91861.4824-0.5792-0.21160.6201-0.386-1.10310.21172.564-1.07681.1578-0.3595-0.11471.8320.44151.213663.6932-15.0911-0.7662
228.664-3.76286.78597.57730.92678.1288-0.08350.00830.20961.0649-0.4028-1.5607-0.8311.91480.5131.26990.02330.28111.57520.21661.208459.6361-16.8077-6.6288
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255.96862.3374-4.54277.2496-0.93958.74050.3982-1.37170.07620.5552-0.2896-0.2173-0.08071.0139-0.11091.2045-0.08110.02531.38610.17351.149947.9995-24.321612.7865
262.77171.74870.04418.50993.36385.1548-0.4945-1.1832-0.17110.5605-0.22792.5835-1.0112-0.95690.61971.3449-0.07960.0571.10210.04431.210835.4473-18.112720.0158
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 103 through 110 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 111 through 124 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 19 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 20 through 47 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 48 through 71 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 72 through 92 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 93 through 160 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 161 through 176 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 177 through 203 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 204 through 222 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 223 through 242 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 19 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 20 through 59 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 60 through 70 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 71 through 89 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 90 through 97 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 98 through 124 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1 through 71 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 72 through 92 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 93 through 176 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 177 through 241 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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