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- PDB-2qkm: The crystal structure of fission yeast mRNA decapping enzyme Dcp1... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qkm | ||||||
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Title | The crystal structure of fission yeast mRNA decapping enzyme Dcp1-Dcp2 complex | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / Protein-Protein complex | ||||||
Function / homology | ![]() mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Hydrolases / mRNA cap binding ...mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA 5'-diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Hydrolases / mRNA cap binding / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / P-body / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / manganese ion binding / single-stranded RNA binding / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | She, M. / Song, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of dcp2 recognition and activation by dcp1. Authors: She, M. / Decker, C.J. / Svergun, D.I. / Round, A. / Chen, N. / Muhlrad, D. / Parker, R. / Song, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 72 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2qklSC ![]() 2a6tS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 15002.142 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: dcp1 / Plasmid: pGEX-6p-1 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 30946.633 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 1-266 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: SPAC19A8.12 / Plasmid: pGEX-6p-1 / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 8% Ethylene Glycol, 100 mM HEPES pH 7.0, 11.6% MPD, 4.4% PEG 4000 and 10 mM ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→90.54 Å / Num. all: 48289 / Num. obs: 48226 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.87 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 2A6T, 2QKL Resolution: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 31.214 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.918 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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