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- PDB-2xja: Structure of MurE from M.tuberculosis with dipeptide and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xja
タイトルStructure of MurE from M.tuberculosis with dipeptide and ADP
要素UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
キーワードLIGASE / PEPTIDOGLYCAN / PEPTIDASE LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / cell cycle / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane ...UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / cell cycle / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily ...UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / MurE/MurF, N-terminal domain / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-UAG / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Basavannacharya, C. / Moody, P.R. / Bhakta, S. / Keep, N.
引用
ジャーナル: Protein Cell / : 2010
タイトル: Essential Residues for the Enzyme Activity of ATP-Dependent Mure Ligase from Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Basavannacharya, C. / Moody, P.R. / Munshi, T. / Cronin, N. / Keep, N.H. / Bhakta, S.
#1: ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / : 2010
タイトル: ATP-Dependent Mure Ligase in Mycobacterium Tuberculosis: Biochemical and Structural Characterisation.
著者: Basavannacharya, C. / Robertson, G. / Munshi, T. / Keep, N.H. / Bhakta, S.
履歴
登録2010年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
B: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
C: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
D: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,28922
ポリマ-221,8194
非ポリマー5,47018
724
1
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8105
ポリマ-55,4551
非ポリマー1,3554
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8346
ポリマ-55,4551
非ポリマー1,3805
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8105
ポリマ-55,4551
非ポリマー1,3554
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8346
ポリマ-55,4551
非ポリマー1,3805
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.040, 76.320, 81.990
Angle α, β, γ (deg.)111.32, 91.42, 92.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
31D
41C
12B
22A
13B
23A
33C
43D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112B25 - 378
2112A25 - 378
3112D25 - 378
4112C25 - 378
1121B379 - 535
2121A379 - 535
1134B1400 - 1500
2134A1400 - 1500
3134C1400 - 1500
4134D1400 - 1500

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE / MURE / UDP-MURNAC-L-ALA-D-GLU\:MESO-DIAMINOPIMELATE LIGASE / MESO-DIAMINOPIMELATE-ADDING ENZYME / ...MURE / UDP-MURNAC-L-ALA-D-GLU\:MESO-DIAMINOPIMELATE LIGASE / MESO-DIAMINOPIMELATE-ADDING ENZYME / MESO-A2PM-ADDING ENZYME / UDP-N- ACETYLMURAMYL-TRIPEPTIDE SYNTHETASE / UDP-MURNAC-TRIPEPTIDE SYNTHETASE


分子量: 55454.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/PLYSS
参照: UniProt: P65477, UniProt: P9WJL3*PLUS, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物
ChemComp-UAG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE-D-GLUTAMATE


分子量: 879.608 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C28H43N5O23P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 0.35 M MGCL2, 0.1 M TRIS PH 8.5, 16% PEG 8000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→74.8 Å / Num. obs: 31925 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0077精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SCALA位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WTZ
解像度: 3→76.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 46.79 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1598 4.9 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.193 30876 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.56 Å2-1.27 Å2-1.27 Å2
2---0.42 Å20.63 Å2
3----1.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→76.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14123 0 350 4 14477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02214731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.99420151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77151976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93122.481540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.153151991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.15315141
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.22452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4991.59709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.926215385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57134899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6084.54577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
12A1336tight positional0.080.05
11B1336tight positional0.060.05
14C1336tight positional0.060.05
13D1336tight positional0.070.05
22A1027tight positional0.050.05
21B1027tight positional0.050.05
12A991medium positional0.080.5
11B991medium positional0.060.5
14C991medium positional0.060.5
13D991medium positional0.070.5
32A88medium positional0.280.5
31B88medium positional0.320.5
33C88medium positional0.30.5
34D88medium positional0.350.5
12A1336tight thermal2.44
11B1336tight thermal2.52
14C1336tight thermal2.78
13D1336tight thermal2.65
22A1027tight thermal2.23
21B1027tight thermal2.23
12A991medium thermal3.29
11B991medium thermal3.1
14C991medium thermal3.27
13D991medium thermal2.94
32A88medium thermal3.62
31B88medium thermal7.78
33C88medium thermal4.65
34D88medium thermal6.27
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 113 -
Rwork0.23 2286 -
obs--95.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0048-1.08781.72537.77041.01278.8993-0.0931-0.29710.1085-0.2613-0.0563-0.7513-0.12390.69640.14940.014-0.01830.02040.2720.05230.105327.46-5.346-1.37
25.53881.6027-0.69317.3502-0.86728.71460.02980.5415-0.30130.0493-0.0707-1.0346-0.10650.43810.04090.01230.02490.02460.22580.04980.249727.322-23.61120.754
37.60271.1033-0.70687.92380.28839.2897-0.04840.3646-0.36020.80570.34480.72161.2515-1.1276-0.29640.4645-0.2007-0.00270.24310.13540.3209-4.50222.44944.249
42.8009-1.00151.04986.6937-0.794111.98130.0561-0.38980.2878-0.38230.24160.7669-0.9732-0.8388-0.29770.37030.20780.17870.2490.10410.3503-4.384-2.2457.247
56.9759-1.46222.00363.0847-0.75933.39850.0859-0.1644-0.2096-0.15360.16810.69230.1951-0.3463-0.25390.2173-0.0466-0.07930.22040.06470.1935-4.074-3.134-7.755
67.79931.4914-3.26212.1613-0.09833.7644-0.030.05720.0894-0.029-0.01150.2393-0.2742-0.31310.04150.14490.0651-0.00780.19270.00350.0522-2.314-23.5131.621
76.7840.6634-0.05873.8804-0.9022.9168-0.3246-0.1460.29550.2815-0.002-0.5310.11220.36920.32660.30990.0625-0.1710.0989-0.03870.289926.15729.44544.209
85.1817-1.86570.86572.93020.32013.236-0.0916-0.0454-0.07150.10530.113-0.2551-0.32940.3204-0.02150.2678-0.13050.07360.1125-0.04510.21325.485-11.18552.441
910.9656-1.86330.00794.2417-0.70226.75920.42110.31150.9162-0.4021-0.0915-0.4766-0.54340.164-0.32960.46720.07740.24840.1659-0.02510.46-14.0015.0315.352
108.6932.0654-0.1327.5348-2.37558.80940.1185-0.3959-0.6769-0.0781-0.3271-0.37510.4430.39990.20860.3353-0.0177-0.09420.23560.04880.1828-14.984-31.7939.383
119.9094-0.1087-2.28045.02680.82126.52260.1650.38060.563-0.33920.22110.2738-0.3582-0.2427-0.3860.38130.11240.10090.44390.06230.259835.56311.66826.621
129.463-0.80296.48446.9895-2.203813.42960.5427-0.7399-0.4916-0.8396-0.07850.18791.8666-1.027-0.46420.6016-0.1886-0.02930.3199-0.05670.222439.1964.88768.722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4D26 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5A140 - 379
6X-RAY DIFFRACTION5A1533 - 1535
7X-RAY DIFFRACTION6B140 - 379
8X-RAY DIFFRACTION6B1533 - 1537
9X-RAY DIFFRACTION7C140 - 379
10X-RAY DIFFRACTION7C1533 - 1536
11X-RAY DIFFRACTION8D140 - 379
12X-RAY DIFFRACTION8D1533 - 1537
13X-RAY DIFFRACTION9A380 - 533
14X-RAY DIFFRACTION10B380 - 533
15X-RAY DIFFRACTION11C380 - 533
16X-RAY DIFFRACTION12D380 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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