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- PDB-3h6e: The crystal structure of a carbohydrate kinase from Novosphingobi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h6e
タイトルThe crystal structure of a carbohydrate kinase from Novosphingobium aromaticivorans
要素Carbohydrate kinase, FGGY
キーワードTRANSFERASE / carbohydrate kinase / Novosphingobium aromaticivorans / strain DSM 12444 / SGX / 11200i / Kinase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate kinase FGGY, C-terminal domain / : / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbohydrate kinase, FGGY
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of carbohydrate kinase from Novosphingobium aromaticivorans
著者: Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2009年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate kinase, FGGY
B: Carbohydrate kinase, FGGY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6262
ポリマ－106,6262
非ポリマー00
水5,783321
1
A: Carbohydrate kinase, FGGY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3131
ポリマ－53,3131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carbohydrate kinase, FGGY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3131
ポリマ－53,3131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.614, 81.198, 229.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate kinase, FGGY


分子量: 53312.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_1051 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-codon+RIL - Stratagene / 参照: UniProt: Q2G9H7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Magnesesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→114.71 Å / Num. obs: 35006 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 38.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→51.279 Å / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 26.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1755 5.03 %
Rwork0.2199 --
obs0.2226 34918 99.91 %
all-35006 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.755 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4113 Å2-0 Å20 Å2
2---0.3504 Å2-0 Å2
3---6.7617 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7148 0 0 321 7469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83310004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7212630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.56760.28921420.21982462X-RAY DIFFRACTION100
2.5676-2.64320.32111310.24012532X-RAY DIFFRACTION100
2.6432-2.72850.33211260.24812511X-RAY DIFFRACTION100
2.7285-2.8260.31551160.24442543X-RAY DIFFRACTION100
2.826-2.93920.30151180.23812544X-RAY DIFFRACTION100
2.9392-3.07290.31321250.24052502X-RAY DIFFRACTION100
3.0729-3.23490.30321580.23262519X-RAY DIFFRACTION100
3.2349-3.43750.25531790.22212479X-RAY DIFFRACTION100
3.4375-3.70290.26031300.20732570X-RAY DIFFRACTION100
3.7029-4.07540.24751390.19222561X-RAY DIFFRACTION100
4.0754-4.66470.22721320.17642548X-RAY DIFFRACTION100
4.6647-5.87570.25931320.19152638X-RAY DIFFRACTION100
5.8757-51.29030.24161270.23022754X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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