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万見
- PDB-5avd: The 0.86 angstrom structure of elastase crystallized in high-stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5avd
タイトルThe 0.86 angstrom structure of elastase crystallized in high-strength agarose hydrogel
要素Chymotrypsin-like elastase family member 1
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / elastase (エラスターゼ) / high-strength agarose / hydrogel
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.86 Å
データ登録者Sugiyama, S. / Shimizu, N. / Maruyama, M. / Sazaki, G. / Adachi, H. / Takano, K. / Murakami, S. / Inoue, T. / Mori, Y. / Matsumura, H.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
JSPS KAKENHI23860028 日本
JSPS KAKENHI25650051 日本
JSPS KAKENHI25286051 日本
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Growth of protein crystals in hydrogels prevents osmotic shock
著者: Sugiyama, S. / Maruyama, M. / Sazaki, G. / Hirose, M. / Adachi, H. / Takano, K. / Murakami, S. / Inoue, T. / Mori, Y. / Matsumura, H.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin-like elastase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1203
ポリマ－25,9281
非ポリマー1922
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.992, 58.210, 74.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elastase-1


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: CELA1, ELA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE CONFLICT D92N IS BASED ON REFERENCE PUBMED IS 4578945 ACCORDING TO DATABASE P00772 (CELA1_PIG)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Na acetate (pH 5.0), 0.03 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.86→50 Å / Num. obs: 174535 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 0.86→0.87 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 77.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GVK

1gvk


解像度: 0.86→45.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.34 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13988 8775 5 %RANDOM
Rwork0.12799 ---
obs0.1286 165717 94.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.282 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.86→45.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 10 274 2106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0470.0192127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.381.922942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.34534436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5055291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.91323.78995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23815320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.861516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3910.8211101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3930.821100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.881.2451413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.881.2451414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2821.0591026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2311.0371018
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2991.4731517
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.648.0492599
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.4017.462424
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.57334065
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.935107
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.70854218
LS精密化 シェル解像度: 0.86→0.882 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 542 -
Rwork0.257 10127 -
obs--78.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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