[日本語] English
万見
- PDB-5avg: The 0.95 angstrom structure of thaumatin crystallized in high-str... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5avg
タイトルThe 0.95 angstrom structure of thaumatin crystallized in high-strength agarose hydrogel
要素Thaumatin-1
キーワードPLANT PROTEIN / thaumatin / high-strength agarose / hydrogel
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Sugiyama, S. / Shimizu, N. / Maruyama, M. / Sazaki, G. / Hirose, M. / Adachi, H. / Takano, K. / Murakami, S. / Inoue, T. / Mori, Y. / Matsumura, H.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
JSPS KAKENHI23860028 日本
JSPS KAKENHI25650051 日本
JSPS KAKENHI25286051 日本
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Growth of protein crystals in hydrogels prevents osmotic shock
著者: Sugiyama, S. / Maruyama, M. / Sazaki, G. / Hirose, M. / Adachi, H. / Takano, K. / Murakami, S. / Inoue, T. / Mori, Y. / Matsumura, H.
履歴
登録2015年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_nat ...diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thaumatin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1561
ポリマ－22,1561
非ポリマー00
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.839, 57.839, 149.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-556-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thaumatin-1 / Thaumatin I


分子量: 22155.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.0), 0.33 M Na/K tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→53.95 Å / Num. obs: 148780 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 0.95→0.97 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VHK

2vhk


解像度: 0.95→53.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.386 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14402 7455 5 %RANDOM
Rwork0.12695 ---
obs0.1278 141256 92.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å2-0 Å2
2--0.24 Å2-0 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.95→53.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1546 0 0 274 1820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2211.9522485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02433777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0985253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.40623.20578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9515282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1391515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3591.08927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3591.082928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6931.6321176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.591.6311176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2421.319880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2411.321881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2981.8731297
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.18210.7832266
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.5639.7142090
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.45633429
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.081576
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.85453590
LS精密化 シェル解像度: 0.95→0.974 Å /
反射数%反射
Rfree340 -
Rwork6436 -
obs-58.07 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る