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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nxr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Neurexin-1 Peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | signaling Protein/Peptide / Beta barrel fold protein / PDZ domain (PDZドメイン) / peptide binding (ペプチド) / specificity mutant / scaffold signaling protein for cell adhesion and cell junction / signaling domain / signaling Protein-Peptide complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of Schwann cell chemotaxis / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / extrinsic component of postsynaptic density membrane / neuroligin family protein binding / Activated NTRK2 signals through CDK5 / neuron cell-cell adhesion / regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...positive regulation of Schwann cell chemotaxis / regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / regulation of dopaminergic neuron differentiation / extrinsic component of postsynaptic density membrane / neuroligin family protein binding / Activated NTRK2 signals through CDK5 / neuron cell-cell adhesion / regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / cell-cell contact zone / protein localization to membrane / cardiac muscle hypertrophy / activation of GTPase activity / Neurexins and neuroligins / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / main axon / neuron projection extension / positive regulation of axonogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHOA GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / axonal growth cone / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to cocaine / receptor tyrosine kinase binding / ruffle membrane / kinase binding / G alpha (12/13) signalling events / 遊走 / cell-cell junction / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of protein binding / microtubule binding / protein-containing complex assembly / 微小管 / 樹状突起スパイン / membrane => GO:0016020 / positive regulation of cell migration / neuronal cell body / シナプス / glutamatergic synapse / lipid binding / positive regulation of cell population proliferation / シグナル伝達 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. / Speckhard, D.C. / Shepherd, T.R. / Hengel, S.R. / Fuentes, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Distinct Roles for Conformational Dynamics in Protein-Ligand Interactions. 著者: Liu, X. / Speckhard, D.C. / Shepherd, T.R. / Sun, Y.J. / Hengel, S.R. / Yu, L. / Fowler, C.A. / Gakhar, L. / Fuentes, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nxr.cif.gz | 36.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nxr.ent.gz | 23.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nxr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/4nxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/4nxr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10192.402 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 変異: L911M, K912E, L915F, L920V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: humanヒト / 遺伝子: TIAM1 / プラスミド: PET21A-6HIS-rTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13009 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1060.158 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residue 659-666 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58401 |
#3: 化合物 | ChemComp-EPE / |
#4: 化合物 | ChemComp-ANS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.61 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M Sodium acetate, 0.1M HEPES, pH=7.5, 22% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→39.06 Å / Num. obs: 6821 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 39.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Mean I/σ(I) obs: 11 / % possible all: 87.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3KZD 解像度: 1.9→39.06 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0.64 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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