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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lxg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DxnB2, a carbon - carbon bond hydrolase from Sphingomonas wittichii RW1 | ||||||
要素 | MCP Hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Carbon-carbon bond hydrolase / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / alpha/beta hydrolase fold / Cytosolic (細胞質基質) | ||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Alpha/beta hydrolase fold 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sphingomonas wittichii RW1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Bhowmik, S. / Bolin, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: The Lid Domain of the MCP Hydrolase DxnB2 Contributes to the Reactivity toward Recalcitrant PCB Metabolites. 著者: Ruzzini, A.C. / Bhowmik, S. / Yam, K.C. / Ghosh, S. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lxg.cif.gz | 119.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lxg.ent.gz | 93.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lxg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/4lxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/4lxg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30224.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii RW1 (バクテリア) 株: RW1 / 遺伝子: dxnB2, Swit_3055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5VAT9, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: grid of ammonium sulfate (1.0-2.5 M) containing 0.1 M Tris, pH 8.2 and 6-10% ethanol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→58.03 Å / Num. all: 22668 / Num. obs: 22668 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.2 Å / % possible all: 99.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J1I 解像度: 2.22→36.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.378 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.64 Å2 / Biso mean: 52.9638 Å2 / Biso min: 31.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→36.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.223→2.281 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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