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- PDB-4ilg: Crystal structure of Aar2p in complex with the Prp8p RNaseH and J... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ilg
タイトルCrystal structure of Aar2p in complex with the Prp8p RNaseH and Jab1/MPN domains
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor 8) x 2
  • A1 cistron-splicing factor AAR2
キーワードSPLICING / U5 snRNP assembly / Aar2 / Prp8 (Prp8)
機能・相同性
機能・相同性情報


generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding ...generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Prp8 RNase H domain, fingers region / Prp8 RNase H domain, palm region / Acyl-CoA Binding Protein / Cytidine Deaminase, domain 2 / Aar2, C-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 ...Prp8 RNase H domain, fingers region / Prp8 RNase H domain, palm region / Acyl-CoA Binding Protein / Cytidine Deaminase, domain 2 / Aar2, C-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / AAR2 N-terminal domain / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H-like superfamily / Up-down Bundle / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
A1 cistron-splicing factor AAR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Weber, G. / Heroven, A.C. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for dual roles of Aar2p in U5 snRNP assembly.
著者: Weber, G. / Cristao, V.F. / Santos, K.F. / Jovin, S.M. / Heroven, A.C. / Holton, N. / Luhrmann, R. / Beggs, J.D. / Wahl, M.C.
履歴
登録2012年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A1 cistron-splicing factor AAR2
B: Pre-mRNA-splicing factor 8
C: Pre-mRNA-splicing factor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4504
ポリマ－100,2113
非ポリマー2381
水12,412689
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area39020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.768, 63.739, 110.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量: 40219.867 Da / 分子数: 1 / 変異: Residues 153-170 replaced by 5 Serines / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAR2, YBL074C, YBL06.06, YBL0611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32357
#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 29501.113 Da / 分子数: 1 / Fragment: yPrp8 RNaseH (UNP Residues 1835-2090) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334
#3: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 30490.338 Da / 分子数: 1 / Fragment: yPrp8 Jab1/MPN (UNP Residues 2147-2413) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33334
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5, 12 % (w/v) PEG 6000 and 0.6 M KCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.3 Å / Num. all: 68910 / Num. obs: 68679 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.154 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.861

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SBT, 2OG4

3sbt

2og4


解像度: 2.1→31.869 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 3063 4.46 %
Rwork0.1803 --
obs0.1823 68667 99.69 %
all-68910 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.555 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8921 Å20 Å2-7.2863 Å2
2---3.6202 Å2-0 Å2
3---4.5123 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.869 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6653 0 15 689 7357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1819536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.712635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13280.34621390.29322991X-RAY DIFFRACTION100
2.1328-2.16780.29411380.26852977X-RAY DIFFRACTION100
2.1678-2.20510.30681400.24972955X-RAY DIFFRACTION100
2.2051-2.24520.28621480.25082938X-RAY DIFFRACTION100
2.2452-2.28840.40531140.36052937X-RAY DIFFRACTION98
2.2884-2.33510.33461230.25492973X-RAY DIFFRACTION100
2.3351-2.38590.29921640.21632940X-RAY DIFFRACTION100
2.3859-2.44130.24051390.20782968X-RAY DIFFRACTION100
2.4413-2.50240.24291470.19932988X-RAY DIFFRACTION100
2.5024-2.570.30051350.20512965X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.64560.25161340.18353006X-RAY DIFFRACTION100
2.6456-2.73090.23491370.18912962X-RAY DIFFRACTION100
2.7309-2.82850.26841500.19212964X-RAY DIFFRACTION100
2.8285-2.94170.26361380.19092984X-RAY DIFFRACTION100
2.9417-3.07540.24991360.18052967X-RAY DIFFRACTION100
3.0754-3.23740.21961380.17173020X-RAY DIFFRACTION100
3.2374-3.440.21321400.16612957X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.70530.19711380.16022993X-RAY DIFFRACTION99
3.7053-4.07750.15881360.14263007X-RAY DIFFRACTION100
4.0775-4.66590.19621410.13052992X-RAY DIFFRACTION100
4.6659-5.87250.18421410.14653037X-RAY DIFFRACTION99
5.8725-31.87320.18011470.15633083X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56180.29580.72320.85980.56681.1152-0.10.24840.0064-0.57120.11620.10710.00220.1006-0.11770.5094-0.056-0.21450.1122-0.05370.0619-27.2562-26.6528-46.0088
21.10070.20740.38382.2362-0.08950.7303-0.02120.0906-0.0011-0.1270.0559-0.16020.00610.1254-0.00830.06870.0289-0.00780.0665-0.03210.1018-9.666.6454-19.4523
32.3685-0.6765-0.00242.15310.28181.7175-0.02840.27860.02780.0384-0.0324-0.3492-0.01160.3683-0.07-0.01270.04880.03440.3188-0.0350.16428.180811.8386-8.6863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 1834:2085
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 2148:2392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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