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Yorodumi- PDB-4ilh: Crystal structure of an Aar2p C-terminal deletion mutant in conpl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ilh | ||||||
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Title | Crystal structure of an Aar2p C-terminal deletion mutant in conplex with Prp8p RNaseH | ||||||
Components |
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Keywords | SPLICING / U5 snRNP assembly / Aar2 / Prp8 | ||||||
Function / homology | Function and homology information generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding ...generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / mRNA binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Weber, G. / Heroven, A.C. / Santos, K.F. / Wahl, M.C. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structural basis for the Aar2p-mediated regulation of Prp8p interactions with Brr2p and U4/U6 di-snRNA Authors: Weber, G. / Cristao, V. / Santos, K.F. / Mozzafari Jovin, S. / Heroven, A.C. / Luehrmann, R. / Beggs, J.D. / Wahl, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ilh.cif.gz | 250.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ilh.ent.gz | 199.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ilh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ilh_validation.pdf.gz | 438.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ilh_full_validation.pdf.gz | 443.8 KB | Display | |
Data in XML | 4ilh_validation.xml.gz | 26.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4ilh_validation.cif.gz | 40 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3sbtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29501.113 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: yPrp8 RNaseH (UNP Residues 1835-2096) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: PRP8, DBF3, DNA39, RNA8, SLT21, USA2, YHR165C / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P33334 |
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#2: Protein | Mass: 39957.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: AAR2, YBL074C, YBL06.06, YBL0611 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P32357 |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 19 % (w/v) PEG 4000 and 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→35 Å / Num. all: 45624 / Num. obs: 45500 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 16.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.74 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3SBT Resolution: 1.85→33.953 Å / SU ML: 0.24 / Phase error: 23.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.53 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→33.953 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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