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- PDB-4bd4: Monomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase, loops IV and VII dele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bd4
タイトルMonomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase, loops IV and VII deleted, apo form, mutant H43F
要素SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CU/ZN SOD1 / MONOMERIC MUTANT / DISEASE MUTATION / METAL BINDING (金属) / NEURODEGENERATION (神経変性疾患) / ALS (筋萎縮性側索硬化症)
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / anterograde axonal transport / retrograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / anterograde axonal transport / retrograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / positive regulation of catalytic activity / スーパーオキシドディスムターゼ / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / glutathione metabolic process / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / 着床 / reactive oxygen species metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / thymus development / locomotory behavior / placenta development / response to organic substance / determination of adult lifespan / positive regulation of cytokine production / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Awad, W. / Saraboji, K. / Danielsson, J. / Lang, L. / Kurnik, M. / Marklund, S.L. / Oliveberg, M. / Logan, D.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Global Structural Motions from the Strain of a Single Hydrogen Bond.
著者: Danielsson, J. / Awad, W. / Saraboji, K. / Kurnik, M. / Lang, L. / Leinartaite, L. / Marklund, S.L. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.
履歴
登録2012年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
B: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
C: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
D: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
E: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
F: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
G: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
H: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
I: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,36213
ポリマ－98,9949
非ポリマー3684
水95553
1
A: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,9991
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,9991
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9991
ポリマ－10,9991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9991
ポリマ－10,9991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9991
ポリマ－10,9991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9991
ポリマ－10,9991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,9991
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,9991
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9991
ポリマ－10,9991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.030, 49.890, 97.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9345, 0.3547, -0.02911), (-0.3548, -0.9349, -0.001732), (-0.02783, 0.008711, 0.9996)-54.38, -36.29, -24.33
2given(-0.957, -0.2826, -0.06546), (0.284, -0.9587, -0.01324), (-0.05902, -0.03127, 0.9978)-63.57, -16.75, 21.43
3given(0.6903, -0.7234, -0.01316), (0.7226, 0.6882, 0.06522), (-0.03812, -0.05453, 0.9978)-17.65, 16.22, -48.97
4given(0.692, 0.7156, 0.09518), (0.7138, -0.6979, 0.05798), (0.1079, 0.02782, -0.9938)-11.92, 21, 49.43
5given(-0.4047, -0.9106, -0.08344), (-0.9112, 0.4093, -0.0467), (0.07668, 0.05713, -0.9954)-36.32, -52.49, 25.34
6given(-0.9029, -0.4271, -0.04784), (-0.4273, 0.9041, -0.008338), (0.04681, 0.01291, -0.9988)-62.27, -38.32, 71.37
7given(0.04069, -0.9989, -0.02236), (0.9975, 0.0393, 0.05946), (-0.05852, -0.02472, 0.998)-76.3, 0.1659, -0.3285
8given(0.9847, 0.1691, 0.04292), (0.1701, -0.9852, -0.02175), (0.03861, 0.02872, -0.9988)2.147, -44.16, 95.02

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要素

#1: タンパク質
SUPEROXIDE DISMUTASE [CU-ZN] / SUPEROXIDE DISMUTASE 1 / HSOD1


分子量: 10999.317 Da / 分子数: 9 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MUTATIONS C6A, H43F, F50E, G51E, C111A, DELETION OF RESIDUES 49-81 AND 124-139) AND REPLACEMENT BY ...MUTATIONS C6A, H43F, F50E, G51E, C111A, DELETION OF RESIDUES 49-81 AND 124-139) AND REPLACEMENT BY GAG TRIPEPTIDE LINKERS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 18 % PEG 1500, 15% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0409
検出器タイプ: MARRESEARCH 165MM / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日 / 詳細: HORIZONTALLY FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: BENT SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→30 Å / Num. obs: 28537 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 69.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XJK

2xjk


解像度: 2.78→29.148 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1437 5.1 %
Rwork0.1802 --
obs0.1837 28343 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 85.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→29.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6687 0 24 53 6764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2849148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7512351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7801-2.87940.37011540.31322664X-RAY DIFFRACTION99
2.8794-2.99460.34081460.27932669X-RAY DIFFRACTION99
2.9946-3.13070.30541330.24612720X-RAY DIFFRACTION99
3.1307-3.29550.28941360.22522699X-RAY DIFFRACTION99
3.2955-3.50170.30461300.20072699X-RAY DIFFRACTION99
3.5017-3.77150.24671420.18512696X-RAY DIFFRACTION99
3.7715-4.15010.23181470.16832688X-RAY DIFFRACTION98
4.1501-4.74840.20441400.14372675X-RAY DIFFRACTION98
4.7484-5.9740.23031550.15752676X-RAY DIFFRACTION97
5.974-29.14960.21971540.15782720X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.757-0.54960.22414.8138-1.36285.9750.2581-0.3591-0.37390.1153-0.3327-0.0798-0.33780.33020.08210.4728-0.13480.01170.7946-0.07030.3119-36.2879-13.001926.9881
25.11930.8037-1.16926.4971-1.16067.7776-0.14880.10430.3042-0.14390.0027-0.03350.2238-0.02030.070.4102-0.07150.05250.5245-0.08810.2906-25.8662-11.27423.5935
38.92860.0183.0435.01350.12945.6086-0.5637-0.51490.32380.61240.0728-0.3327-0.98940.9910.47940.8139-0.2028-0.13811.0314-0.00110.4417-27.0311-14.97950.8909
44.59470.98720.53436.6011.08673.67030.09430.13730.25440.06310.0210.1582-0.3126-0.1548-0.15730.6508-0.27260.07361.1975-0.00050.3794-33.6596-17.5803-19.7274
57.2860.1806-0.64648.83391.05437.65910.16540.74890.7477-0.5275-0.0125-0.5599-0.43540.43-0.05510.44610.06930.08770.8420.0420.4686-44.2115.608918.22
68.1676-0.2436-0.06643.6627-1.54464.7414-0.08240.5033-0.6767-0.69110.1082-0.12360.91370.29910.0040.6768-0.07170.15160.7809-0.16350.5392-11.5849-25.8117-5.5004
77.28990.6874-1.5464.8552-1.00443.1338-0.12080.2666-0.7168-0.3218-0.1276-0.38831.14051.90710.25630.83060.3487-0.02191.3887-0.17320.5586-25.4159-34.796742.5986
87.69363.1072-0.97098.1051-0.78795.64120.4024-0.03580.79870.5241-0.27010.2658-0.9682-0.0964-0.11480.6630.22250.13490.9142-0.05440.6008-64.6561-35.933229.5308
98.7227-0.6898-1.94348.10090.02368.8884-0.1979-0.2471-0.6235-0.04-0.2756-0.14481.85260.65920.46340.9296-0.05850.06550.98780.09720.4514-35.0878-37.588965.648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESSEQ 1:109)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESSEQ 1:109)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESSEQ 2:109)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESSEQ 1:109)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN E AND RESSEQ 1:109)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN F AND RESSEQ 1:109)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN G AND RESSEQ 2:109)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN H AND RESSEQ 1:110)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN I AND RESSEQ 1:109)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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