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万見
- PDB-4a5t: STRUCTURAL BASIS FOR THE CONFORMATIONAL MODULATION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a5t
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR THE CONFORMATIONAL MODULATION
要素PLASMINOGENプラスミン
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / MULTI-DOMAIN CONFORMATIONAL CHANGE
機能・相同性
機能・相同性情報


プラスミン / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / 再生 (生物学) / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis ...プラスミン / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / 再生 (生物学) / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / negative regulation of cell-substrate adhesion / myoblast differentiation / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / Schaffer collateral - CA1 synapse / kinase binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 凝固・線溶系 / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / endopeptidase activity / protease binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, plasmin / 肝細胞増殖因子 / 肝細胞増殖因子 / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain ...Peptidase S1A, plasmin / 肝細胞増殖因子 / 肝細胞増殖因子 / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / 3-Layer(bba) Sandwich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Xue, Y. / Bodin, C. / Olsson, K.
引用ジャーナル: J. Thromb. Haemost. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Native Plasminogen Reveals an Activation-Resistant Compact Conformation.
著者: Xue, Y. / Bodin, C. / Olsson, K.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Other
改定 1.22012年7月18日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "SH" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "SH" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "SI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: PLASMINOGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2904
ポリマ－88,5441
非ポリマー7463
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.460, 118.460, 179.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PLASMINOGEN / プラスミン / PLASMIN HEAVY CHAIN A / ACTIVATION PEPTIDE / ANGIOSTATIN / PLASMIN HEAVY CHAIN A\ / SHORT FORM / ...PLASMIN HEAVY CHAIN A / ACTIVATION PEPTIDE / ANGIOSTATIN / PLASMIN HEAVY CHAIN A\ / SHORT FORM / PLASMIN LIGHT CHAIN B


分子量: 88544.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P00747, プラスミン
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.27 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→75 Å / Num. obs: 16059 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 63.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.49→3.58 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.49→50.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8731 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.541
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CL SIA GAL NGA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=6026. NUMBER WITH APPRO APPROX DEFAULT CCP4 ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CL SIA GAL NGA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=6026. NUMBER WITH APPRO APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=45. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2501 811 5.05 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.2106 16059 95.29 %-
原子変位パラメータBiso mean: 98.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.576 Å20 Å20 Å2
2--13.576 Å20 Å2
3----27.1519 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.754 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→50.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6026 0 47 0 6073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086271HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.158549HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2166SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes157HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes902HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6271HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion805SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6959SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.49→3.73 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2802 139 4.91 %
Rwork0.2417 2691 -
all0.2436 2830 -
obs--95.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0606-0.7592-2.48475.09940.19872.00140.0488-0.42430.23180.5011-0.0630.0964-0.26530.27870.01420.0674-0.0550.05750.1078-0.1187-0.125113.223830.0227.7387
27.99934.1421-3.36448.2128-2.48312.04120.036-0.09930.1621-0.2368-0.2463-0.0622-0.11220.12830.21030.0840.07430.2421-0.06120.0223-0.18325.614743.6033-12.3087
34.87480.24510.73114.1156-1.30572.56610.03910.37510.72650.3515-0.10560.0099-0.0034-0.16890.0665-0.23530.22340.1543-0.0103-0.10680.0952-8.886746.6683-5.1449
41.8022-1.37580.27260.05112.427100.01260.0378-0.0015-0.1806-0.0083-0.01350.0980.0142-0.0042-0.2460.1543-0.13310.1399-0.02210.07114.111939.924-25.2098
55.2756-0.35144.85570.38080.35120.8826-0.03130.30470.0003-0.2834-0.0263-0.0274-0.12340.02540.0576-0.16550.3941-0.08990.78520.085-0.0207-12.595244.1961-32.5503
61.79580.54631.05250-2.577600.02060.15360.0194-0.4276-0.05360.1822-0.02850.07980.033-0.1967-0.0840.10740.1818-0.28350.1949-6.616622.4747-21.5536
72.1420.7705-0.33150.1230.67480.7035-0.02630.1875-0.3440.0686-0.40960.38660.1733-0.51020.4359-0.0306-0.04860.14910.1393-0.28090.0682-4.693214.1693-1.0745
86.2729-2.62390.33253.89610.63473.3567-0.3309-0.425-0.2770.17070.0662-0.18090.3674-0.0370.26470.0061-0.09470.25460.0309-0.1689-0.1381-1.513914.240623.6354
93.02130.23040.63323.58020.6451.1703-0.03240.9589-0.2211-0.15-0.18760.5872-0.0043-0.95610.22-0.49130.01950.08940.6132-0.42550.1199-35.312626.3309-4.4435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN S AND RESID 1-82)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN S AND RESID 83-163)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN S AND RESID 164-244)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN S AND RESID 245-254)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN S AND RESID 255-334)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN S AND RESID 335-351)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN S AND RESID 352-435)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN S AND RESID 460-543)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN S AND RESID 544-791)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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