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万見
- PDB-5w2j: Crystal structure of dimeric form of mouse Glutaminase C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w2j
タイトルCrystal structure of dimeric form of mouse Glutaminase C
要素
  • Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
  • unidentified peptide
キーワードHYDROLASE / Glutamine metabolism / Glutaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutamate and glutamine metabolism / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / TP53 Regulates Metabolic Genes / L-glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / glutaminase / intracellular glutamate homeostasis / glutaminase activity / suckling behavior ...Glutamate and glutamine metabolism / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / TP53 Regulates Metabolic Genes / L-glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / glutaminase / intracellular glutamate homeostasis / glutaminase activity / suckling behavior / chemical synaptic transmission / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / synapse / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin; domain 1 - #210 / Glutaminase, EF-hand domain / EF-hand domain / Glutaminase / Glutaminase / Recoverin; domain 1 / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. ...Recoverin; domain 1 - #210 / Glutaminase, EF-hand domain / EF-hand domain / Glutaminase / Glutaminase / Recoverin; domain 1 / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cerione, R.A. / Li, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41 RR 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Mechanistic Basis of Glutaminase Activation: A KEY ENZYME THAT PROMOTES GLUTAMINE METABOLISM IN CANCER CELLS.
著者: Li, Y. / Erickson, J.W. / Stalnecker, C.A. / Katt, W.P. / Huang, Q. / Cerione, R.A. / Ramachandran, S.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
Item: _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
B: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
F: unidentified peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0455
ポリマ－92,9743
非ポリマー712
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area32450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.940, 100.880, 145.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glutaminase kidney isoform, mitochondrial / GLS


分子量: 45836.812 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-551 / 変異: D391K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gls, Gls1, Kiaa0838 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3Z7P3, glutaminase
#2: タンパク質・ペプチド unidentified peptide


分子量: 1300.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: 9% PEG8000, 10% glycerol, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→82.89 Å / Num. obs: 51086 / % possible obs: 92.87 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 50.9
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22761 --
Rwork0.19641 --
obs-51086 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6489 0 2 169 6660

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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