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- PDB-3wfq: tRNA processing enzyme complex 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfq
タイトルtRNA processing enzyme complex 1
要素
  • Poly A polymerase
  • RNA (73-MER)
キーワードTransferase/RNA / Terminal Nucleotide Transferase / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP:tRNA cytidylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / tRNA processing / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HDIG domain / tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase, RNA and SrmB- binding domain / Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / HD domain / HD domain / Beta Polymerase, domain 2 / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain ...HDIG domain / tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase, RNA and SrmB- binding domain / Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / HD domain / HD domain / Beta Polymerase, domain 2 / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / CC-adding tRNA nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Aquifex aeolicus (バクテリア)
Thermotoga maritima MSB8 (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.619 Å
データ登録者Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Translocation and rotation of tRNA during template-independent RNA polymerization by tRNA nucleotidyltransferase
著者: Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (73-MER)
B: RNA (73-MER)
C: RNA (73-MER)
D: RNA (73-MER)
E: Poly A polymerase
F: Poly A polymerase
G: Poly A polymerase
H: Poly A polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,9528
ポリマ－321,9528
非ポリマー00
水0
1
A: RNA (73-MER)
E: Poly A polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4882
ポリマ－80,4882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (73-MER)
F: Poly A polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4882
ポリマ－80,4882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA (73-MER)
G: Poly A polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4882
ポリマ－80,4882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA (73-MER)
H: Poly A polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4882
ポリマ－80,4882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.970, 154.030, 158.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C
41chain D and segid D
12chain E and segid E
22chain F and segid F
32chain G and segid G
42chain H and segid H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0
411chain D and segid DD0
112chain E and segid EE0
212chain F and segid FF0
312chain G and segid GG0
412chain H and segid HH0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: RNA鎖
RNA (73-MER)


分子量: 23544.986 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermotoga maritima MSB8 (テルモトガ・マリティマ)
参照: GenBank: 498539165
#2: タンパク質
Poly A polymerase


分子量: 56943.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: pcnB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67911, CCA tRNA nucleotidyltransferase
配列の詳細THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE ENTIRE PROTEIN, RESIDUES 1-512 FOR E, F, G, H CHAINS. THE AUTHORS KNOW ...THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE ENTIRE PROTEIN, RESIDUES 1-512 FOR E, F, G, H CHAINS. THE AUTHORS KNOW THE COMPLETE SEQUENCE. THE SEQUENCE OF RESIDUES 1-15 AND 449-512 (THE UNK PART) IS AS FOLLOWS. (1)MENIEIVSSGKHTLH(15), (449)EEIQKPLLNGDEIMEILGIKPGKIVGILKKALLEAQIDGKVETKEEAIEFIKRSTKNLKPLDEG(512) THE AUTHORS COULD OBSERVE A PART OF N- and C-TERMINAL RESIDUES (1-15 and 449-512, RESPECTIVLY) OF ALL PROTEIN CHAINS BUT THEY ARE NOT SURE WHICH PART CORRESPONDS WITH THESE OBSERVED RESIDUES. SO THE RESIDUE NUMBERS OF UNK ARE MEANINGLESS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器日付: 2013年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→20 Å / Num. obs: 27296

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1389)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WFO, 3L0U

3wfo

3l0u


解像度: 3.619→19.982 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.824 / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2894 1361 5.03 %
Rwork0.2215 --
obs0.2249 27048 54.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 473.86 Å2 / Biso mean: 147.0686 Å2 / Biso min: 28.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.619→19.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13958 6180 0 0 20138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80429939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2368727
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3483X-RAY DIFFRACTION9.22TORSIONAL
12B3483X-RAY DIFFRACTION9.22TORSIONAL
13C3483X-RAY DIFFRACTION9.22TORSIONAL
14D3483X-RAY DIFFRACTION9.22TORSIONAL
21E8043X-RAY DIFFRACTION9.22TORSIONAL
22F8043X-RAY DIFFRACTION9.22TORSIONAL
23G8043X-RAY DIFFRACTION9.22TORSIONAL
24H8043X-RAY DIFFRACTION9.22TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6187-3.74730.508780.24011701784
3.7473-3.89620.2794370.207148151811
3.8962-4.07210.2636390.22671040107922
4.0721-4.28480.2839950.22241671176636
4.2848-4.55030.27121190.20092233235247
4.5503-4.89690.26491480.20862800294860
4.8969-5.38090.29191730.20823452362573
5.3809-6.13970.30562300.25444326455692
6.1397-7.66220.34622530.254547495002100
7.6622-19.9820.26472590.20474765502499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2650.27370.17083.0690.84043.2419-0.28191.3514-1.4287-0.82550.23540.99280.9832-1.8263-0.03831.2487-0.4718-0.23092.22730.01862.244715.0056-39.4745-5.2958
22.43582.3141-0.45682.94960.11471.1350.041-0.89251.14590.2462-0.43922.1309-0.8365-1.12180.27730.85290.39-0.81262.31920.15332.248216.219139.38155.5921
34.18981.41581.23750.71560.82911.34340.42921.0121-0.6590.33650.01020.31411.0088-1.472-0.49652.3058-0.46030.00182.0623-0.02111.9722-6.5806-57.680652.5599
40.44260.44430.60311.4050.10982.38260.23291.57971.0662-0.2045-0.39821.706-0.8816-1.33580.20562.0840.2915-0.13762.50760.56462.5889-9.196514.787552.2009
51.3685-0.4422-0.56412.6484-0.4342.2566-0.11220.0517-0.1018-0.81040.1951-0.54370.2964-0.0898-0.02240.1466-0.043-0.13880.466-0.02140.52146.1788-18.1485-0.0686
60.2997-0.04890.20561.87951.58141.5324-0.2418-0.5745-0.26291.17590.2834-1.5067-0.21371.0204-0.20991.5366-0.2895-0.76562.82270.4011.6516.4149-15.0975-30.8122
71.2382-0.0268-0.4082.41880.5722.41690.17190.03110.2205-0.35080.0197-0.4601-0.3188-0.0312-0.14830.20580.02370.02910.48060.10270.678946.981216.68051.3542
80.0884-0.50440.12713.2093-0.71260.1731-0.06380.26430.3079-0.4254-0.7208-1.0870.46530.51740.6621.9290.07920.65862.9675-0.02171.79467.05614.777331.3863
91.77230.3744-0.77452.1276-0.59882.5785-0.09350.0057-0.3681.51080.1115-0.07330.7429-0.16710.05652.1730.1268-0.05010.57010.15220.619523.6204-37.969774.0398
101.26111.12070.13631.15060.30340.2378-0.55891.2118-0.0617-1.3934-0.00760.85040.0523-0.67310.37361.2473-0.2964-0.28442.23440.04161.15429.8879-37.139526.6788
111.68820.2166-0.85222.62250.01282.78680.138-0.23980.27191.27720.04840.6894-0.0451-0.2057-0.15641.9660.03190.24060.62610.04580.690422.1659-3.35773.9075
120.7371-1.79320.34674.3616-0.83890.24510.0797-0.0243-0.5839-0.1122-0.2988-0.03080.5630.0530.24140.931-0.0991-0.13562.51930.0483.1677-27.816-6.07375.5664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:73)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 1:73)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESSEQ 1:73)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND (RESSEQ 1:73)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND (RESSEQ 5:448)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN E AND (RESSEQ 472:504)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN F AND (RESSEQ 5:448)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN F AND (RESSEQ 474:504)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN G AND (RESSEQ 5:448)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN G AND (RESSEQ 472:504)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN H AND (RESSEQ 5:448)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN H AND (RESSEQ 471:504)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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