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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v0v | ||||||
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タイトル | Fab WN1 222-5 unliganded | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Beta sheets (Βシート) / Antibody (抗体) / Fab | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å | ||||||
データ登録者 | Gomery, K. / Evans, S.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Antibody WN1 222-5 mimics Toll-like receptor 4 binding in the recognition of LPS. 著者: Gomery, K. / Muller-Loennies, S. / Brooks, C.L. / Brade, L. / Kosma, P. / Di Padova, F. / Brade, H. / Evans, S.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3v0v.cif.gz | 182.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3v0v.ent.gz | 143.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3v0v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23281.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: NZB #2: 抗体 | 分子量: 23526.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: NZB #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: HEPES, PEG 3350, Propanol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月29日 / 詳細: Osmic blue mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.13→19.985 Å / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 13.1 / Scaling rejects: 545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YEF 解像度: 2.13→19.985 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.97 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.885 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.24 Å2 / Biso mean: 41.725 Å2 / Biso min: 22.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→19.985 Å
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拘束条件 |
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