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- PDB-3oqs: Crystal structure of importin-alpha bound to a CLIC4 NLS peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oqs
タイトルCrystal structure of importin-alpha bound to a CLIC4 NLS peptide
要素
  • Importin subunit alpha-2インポーチン
  • peptide of Chloride intracellular channel protein 4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / importin alpha / karyopherin alpha / nuclear localisation signal (NLS) recognition / chloride intracellular channel 4 / CLIC4 NLS / Armadillo repeat (アルマジロリピート) / Nuclear import (核局在化シグナル)
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / endothelial cell morphogenesis / positive regulation of viral life cycle / vacuolar acidification / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / 宿主 ...establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / endothelial cell morphogenesis / positive regulation of viral life cycle / vacuolar acidification / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / 宿主 / 受精 / chloride transport / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / regulation of cytoskeleton organization / NLS-bearing protein import into nucleus / chloride channel activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / 微絨毛 / chloride channel complex / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / negative regulation of cell migration / multicellular organism growth / cytoplasmic vesicle membrane / nuclear matrix / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / histone deacetylase binding / cell-cell junction / マイクロフィラメント / apical part of cell / midbody / 血管新生 / 核膜 / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / 細胞分化 / 中心体 / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / ミトコンドリア / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. ...Intracellular chloride channel / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Thioredoxin-like superfamily / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Chloride intracellular channel protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mynott, A.V. / Brown, L.J. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M.G.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of importin-alpha bound to a peptide bearing the nuclear localisation signal from chloride intracellular channel protein 4
著者: Mynott, A.V. / Harrop, S.J. / Brown, L.J. / Breit, S.N. / Kobe, B. / Curmi, P.M.G.
履歴
登録2010年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: peptide of Chloride intracellular channel protein 4
A: Importin subunit alpha-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5392
ポリマ－56,5392
非ポリマー00
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.594, 89.558, 100.083
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド peptide of Chloride intracellular channel protein 4 / Intracellular chloride ion channel protein p64H1


分子量: 1208.495 Da / 分子数: 1
断片: NLS (Nuclear Localisation Signal) UNP residues 198-207
由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y696
#2: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / インポーチン / Karyopherin subunit alpha-2 / SRP1-alpha / RAG cohort protein 1 / Pendulin / Pore targeting complex ...Karyopherin subunit alpha-2 / SRP1-alpha / RAG cohort protein 1 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / Importin alpha P1


分子量: 55330.566 Da / 分子数: 1 / 断片: NLS Binding Domain (UNP residues 70-529) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52293
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 % / Mosaicity: 0.5 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.7M sodium citrate, 10mM DTT, 70mM HEPES pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→66.739 Å / Num. all: 46758 / Num. obs: 46758 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.114.90.8710.7760.72708055200.3810.8710.7761.880.3
2.11-2.246.20.6160.5641.23982864150.2410.6160.5642.997.5
2.24-2.397.20.4030.3731.64478162320.150.4030.3735.4100
2.39-2.587.30.250.2323.14250558020.0920.250.2327.3100
2.58-2.837.30.1740.1613.93936253640.0640.1740.16110.5100
2.83-3.167.30.1030.0967.13573448690.0380.1030.09615.3100
3.16-3.657.30.0750.0699.13131743110.0280.0750.06921.8100
3.65-4.477.20.0550.05111.22656837050.0210.0550.05129.5100
4.47-6.3270.0460.04312.92044229050.0170.0460.04328100
6.32-21.0516.50.0450.04110.71055116350.0180.0450.04130.897.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IAL

1ial


解像度: 2→21.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.1846 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8499 / SU R Cruickshank DPI: 0.143 / SU Rfree: 0.1406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. SOLVENT MOLECULES WERE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. SOLVENT MOLECULES WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 2366 5.1 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.199 46695 96.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.38 Å2 / Biso mean: 36.2975 Å2 / Biso min: 10.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→21.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3300 0 0 356 3656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.974619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9685440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.86825.672134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78515594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7751513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.52168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74623518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0331219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8964.51096
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 129 -
Rwork0.33 2505 -
all-2634 -
obs--74.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.076-0.9006-0.53821.42820.7210.68870.0432-0.16150.1630.09340.0726-0.08370.0740.0216-0.11570.0631-0.0322-0.01580.0475-0.02530.0765-1.56920.875-1.215
28.30124.40761.5425.88445.132110.99930.4909-0.84050.35470.4824-0.59320.98570.3189-0.91610.10220.2529-0.0124-0.02550.29720.0130.408-2.2973.754-9.308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A72 - 496
2X-RAY DIFFRACTION2B201 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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