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万見
- PDB-4tnm: Crystal structure of Arabidopsis importin-alpha3 armadillo repeat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tnm
タイトルCrystal structure of Arabidopsis importin-alpha3 armadillo repeat domain
要素Importin subunit alpha
キーワードPROTEIN BINDING / armadillo repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear import signal receptor activity / defense response / protein import into nucleus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-3 / Importin subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wirthmueller, L. / Banfield, M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBJ00453 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBK009176 英国
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2015
タイトル: Probing formation of cargo/importin-alpha transport complexes in plant cells using a pathogen effector.
著者: Wirthmueller, L. / Roth, C. / Fabro, G. / Caillaud, M.C. / Rallapalli, G. / Asai, S. / Sklenar, J. / Jones, A.M. / Wiermer, M. / Jones, J.D. / Banfield, M.J.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations / Other
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6701
ポリマ－58,6701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.518, 127.518, 89.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha


分子量: 58669.914 Da / 分子数: 1 / 断片: armadillo repeat domian / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MOS6, At4g02150 / プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: Q4JHM3, UniProt: O04294*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Mg-acetate, 0.1 M MES pH 6.5, 19% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→69.66 Å / Num. obs: 11858 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLM1.0.7データ削減
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2.9→69.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 54.117 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 562 4.8 %RANDOM
Rwork0.2186 11264 --
obs0.2207 11826 97.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.92 Å2 / Biso mean: 106.386 Å2 / Biso min: 72.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20.39 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→69.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 0 0 3138
残基数----407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.023188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.781.9684336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68237171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6795402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.39326.519135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12815562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6661510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2518.2321623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2518.2321622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1512.3472020
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 40 -
Rwork0.335 838 -
all-878 -
obs--98.54 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 120.084 Å / Origin y: 40.6651 Å / Origin z: 21.2515 Å
111213212223313233
T0.1884 Å20.0297 Å2-0.0283 Å2-0.0734 Å2-0.0165 Å2--0.0785 Å2
L4.2716 °20.7273 °2-3.1153 °2-0.2329 °2-0.7561 °2--3.1559 °2
S0.2293 Å °0.0044 Å °0.41 Å °0.0459 Å °-0.0787 Å °0.0574 Å °-0.3752 Å °0.0732 Å °-0.1506 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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