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- PDB-3jz7: Crystal structure of the extracellular domains of coxsackie & ade... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jz7
タイトルCrystal structure of the extracellular domains of coxsackie & adenovirus receptor from mouse (mCAR)
要素Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / cell adhesion molecule (細胞接着分子) / immunoglobuline superfamily / adenovirus (アデノウイルス) / coxsackievirus (コクサッキーウイルス) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cell junction (細胞結合) / Cell membrane (細胞膜) / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Palmitate (パルミチン酸) / Phosphoprotein / Receptor / Secreted (分泌) / Tight junction (密着結合) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / transepithelial transport ...cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / transepithelial transport / cardiac muscle fiber development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / cell-cell junction organization / connexin binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / 介在板 / bicellular tight junction / actin cytoskeleton reorganization / acrosomal vesicle / mitochondrion organization / filopodium / cell adhesion molecule binding / PDZ domain binding / 好中球 / 細胞接着 / 接着結合 / neuromuscular junction / beta-catenin binding / cell body / 細胞結合 / cell-cell junction / 成長円錐 / integrin binding / defense response to virus / heart development / basolateral plasma membrane / neuron projection / 脂質ラフト / signaling receptor binding / protein-containing complex / extracellular space / integral component of membrane / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞核 / 細胞質
Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin V-set domain / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 抗体 / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin V-set domain / 抗体 ...Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin V-set domain / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 抗体 / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin V-set domain / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Max, K.E.A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Neurosci. / : 2010
タイトル: The coxsackievirus-adenovirus receptor reveals complex homophilic and heterophilic interactions on neural cells.
著者: Patzke, C. / Max, K.E. / Behlke, J. / Schreiber, J. / Schmidt, H. / Dorner, A.A. / Kroger, S. / Henning, M. / Otto, A. / Heinemann, U. / Rathjen, F.G.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2009年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8513
ポリマ-23,7311
非ポリマー1202
2,288127
1
A: Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
ヘテロ分子

A: Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7026
ポリマ-47,4622
非ポリマー2404
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)53.369, 61.468, 86.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog / mCAR / CAR


分子量: 23730.842 Da / 分子数: 1 / 断片: D1 & D2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Car, Cxadr / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97792
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein buffer: 20mM TRIS 50mM NaCl protein concentration: 8mg / ml; crystallization buffer 0.1M HEPES pH 7.5 21% PEG 4000 15% isopropanol; crystalliztion setup: mixture 400nl protein sample : ...詳細: protein buffer: 20mM TRIS 50mM NaCl protein concentration: 8mg / ml; crystallization buffer 0.1M HEPES pH 7.5 21% PEG 4000 15% isopropanol; crystalliztion setup: mixture 400nl protein sample : 400nl crystallization buffer reservoir filled with 80 ul crystallization buffer; cryo solution: 25% PEG 4000 20% isopropanol 10% glycerol 0.1M HEPES pH 7.5 freezing of crystals: crystallization setup was overlayed with cryosolution, floating crystals were removed with a cryoloop and flash-frozen in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月16日
詳細: Mirror 1: Silicon, active surface 50nm Rh-coated. Double crystal monochromator: Si-111 crystal. Mirror 2: Glas, active surface 50nm Rh-coated
放射モノクロメーター: Mirrors & silicon-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 15245 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 47.774 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 13.63
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 1481 / Χ2: 0.999 / % possible all: 98.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_FTF
最高解像度最低解像度
Translation2.5 Å9.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EAJ (complete) for domain D1 2V5R (residues 5-40, 44-62, 68-76, 81-90) for domain D2
解像度: 2.19→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.19 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.783 / SU B: 6.441 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.231 / SU Rfree: 0.208 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 754 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
Obs0.212 15150 98.482 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.05 Å2 / Biso mean: 38.075 Å2 / Biso min: 30.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----0.68 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.144 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1647 0 8 127 1782
拘束条件
精密化-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.982304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8713.0042862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9095214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.73426.16473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33515298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.723155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.65921362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2632422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09831729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5324.5744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8016573
LS精密化 シェル解像度: 2.188→2.245 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 41 -
Rwork0.266 1047 -
All-1088 -
Obs-1481 98.19 %

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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