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- PDB-3jz7: Crystal structure of the extracellular domains of coxsackie & ade... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jz7
タイトルCrystal structure of the extracellular domains of coxsackie & adenovirus receptor from mouse (mCAR)
要素Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
キーワードCELL ADHESION / cell adhesion molecule / immunoglobuline superfamily / adenovirus / coxsackievirus / Alternative splicing / Cell junction / Cell membrane / Disulfide bond / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Phosphoprotein / Receptor / Secreted / Tight junction / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / Cell surface interactions at the vascular wall / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / Cell surface interactions at the vascular wall / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / germ cell migration / apicolateral plasma membrane / transepithelial transport / cell-cell junction organization / connexin binding / cardiac muscle cell development / cardiac muscle cell proliferation / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / intercalated disc / bicellular tight junction / cell adhesion molecule binding / neutrophil chemotaxis / acrosomal vesicle / mitochondrion organization / filopodium / PDZ domain binding / adherens junction / cell-cell adhesion / neuromuscular junction / beta-catenin binding / integrin binding / cell junction / cell-cell junction / heart development / basolateral plasma membrane / cell body / growth cone / actin cytoskeleton organization / defense response to virus / neuron projection / membrane raft / signaling receptor binding / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Max, K.E.A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2010
タイトル: The coxsackievirus-adenovirus receptor reveals complex homophilic and heterophilic interactions on neural cells.
著者: Patzke, C. / Max, K.E. / Behlke, J. / Schreiber, J. / Schmidt, H. / Dorner, A.A. / Kroger, S. / Henning, M. / Otto, A. / Heinemann, U. / Rathjen, F.G.
履歴
登録2009年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8513
ポリマ－23,7311
非ポリマー1202
水2,288127
1
A: Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
ヘテロ分子

A: Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7026
ポリマ－47,4622
非ポリマー2404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.369, 61.468, 86.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Coxsackievirus and adenovirus receptor homolog / mCAR / CAR


分子量: 23730.842 Da / 分子数: 1 / 断片: D1 & D2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Car, Cxadr / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97792
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein buffer: 20mM TRIS 50mM NaCl protein concentration: 8mg / ml; crystallization buffer 0.1M HEPES pH 7.5 21% PEG 4000 15% isopropanol; crystalliztion setup: mixture 400nl protein sample : ...詳細: protein buffer: 20mM TRIS 50mM NaCl protein concentration: 8mg / ml; crystallization buffer 0.1M HEPES pH 7.5 21% PEG 4000 15% isopropanol; crystalliztion setup: mixture 400nl protein sample : 400nl crystallization buffer reservoir filled with 80 ul crystallization buffer; cryo solution: 25% PEG 4000 20% isopropanol 10% glycerol 0.1M HEPES pH 7.5 freezing of crystals: crystallization setup was overlayed with cryosolution, floating crystals were removed with a cryoloop and flash-frozen in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月16日
詳細: Mirror 1: Silicon, active surface 50nm Rh-coated. Double crystal monochromator: Si-111 crystal. Mirror 2: Glas, active surface 50nm Rh-coated
放射モノクロメーター: Mirrors & silicon-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 15245 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 47.774 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 13.63
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 1481 / Χ2: 0.999 / % possible all: 98.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_FTF
最高解像度最低解像度
Translation2.5 Å9.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EAJ (complete) for domain D1 2V5R (residues 5-40, 44-62, 68-76, 81-90) for domain D2

1eaj

2v5r


解像度: 2.19→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.19 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.783 / SU B: 6.441 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.231 / SU Rfree: 0.208 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 754 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.212 15150 98.482 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.05 Å2 / Biso mean: 38.075 Å2 / Biso min: 30.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----0.68 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.144 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1647 0 8 127 1782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.982304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8713.0042862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9095214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.73426.16473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33515298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.723155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.65921362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2632422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09831729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5324.5744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8016573
LS精密化 シェル解像度: 2.188→2.245 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 41 -
Rwork0.266 1047 -
all-1088 -
obs-1481 98.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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