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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ivv | ||||||
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タイトル | Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-PucSBC1_pep1 | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Protein Binding (タンパク質) / Nucleus (Nucleus) / Ubl conjugation pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proteolysis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / localization / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / 核質 ...regulation of proteolysis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / localization / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Schulman, B.A. / Miller, D.J. / Calabrese, M.F. / Seyedin, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009 タイトル: Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases. 著者: Zhuang, M. / Calabrese, M.F. / Liu, J. / Waddell, M.B. / Nourse, A. / Hammel, M. / Miller, D.J. / Walden, H. / Duda, D.M. / Seyedin, S.N. / Hoggard, T. / Harper, J.W. / White, K.P. / Schulman, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ivv.cif.gz | 82.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ivv.ent.gz | 62.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ivv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16543.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1012.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PME 550, 0.1 M HEPES, Cryoprotection: 30% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 39304 / Num. obs: 39299 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 21.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 3926 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→41.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.392 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.867 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→41.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.281 Å / Total num. of bins used: 20
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