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- PDB-3hql: Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hql
タイトルStructures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2
要素
  • Puckered
  • Speckle-type POZ protein
キーワードProtein Binding / Ligase/Hydrolase / ubiquitin / E3 / SPOP / Puckered / MATH / Nucleus / Ubl conjugation pathway / Hydrolase / Ligase-Hydrolase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


imaginal disc eversion / imaginal disc fusion / RAF-independent MAPK1/3 activation / chorion micropyle formation / embryonic anterior midgut (ectodermal) morphogenesis / imaginal disc fusion, thorax closure / JUN kinase phosphatase activity / chitin-based embryonic cuticle biosynthetic process / imaginal disc-derived male genitalia morphogenesis / negative regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade ...imaginal disc eversion / imaginal disc fusion / RAF-independent MAPK1/3 activation / chorion micropyle formation / embryonic anterior midgut (ectodermal) morphogenesis / imaginal disc fusion, thorax closure / JUN kinase phosphatase activity / chitin-based embryonic cuticle biosynthetic process / imaginal disc-derived male genitalia morphogenesis / negative regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / determination of digestive tract left/right asymmetry / Negative regulation of MAPK pathway / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / dorsal closure / follicle cell of egg chamber development / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / dorsal appendage formation / compound eye development / positive regulation of border follicle cell migration / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of programmed cell death / molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein secretion / regulation of proteolysis / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / epidermis development / negative regulation of MAPK cascade / JNK cascade / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / determination of adult lifespan / wound healing / Hedgehog 'on' state / positive regulation of immune response / protein polyubiquitination / actin cytoskeleton organization / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPOP, C-terminal BACK domain / : / MATH domain / BPM/SPOP, BACK domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain ...SPOP, C-terminal BACK domain / : / MATH domain / BPM/SPOP, BACK domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / protein-tyrosine-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Zhuang, M. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structures of SPOP-substrate complexes: insights into molecular architectures of BTB-Cul3 ubiquitin ligases.
著者: Zhuang, M. / Calabrese, M.F. / Liu, J. / Waddell, M.B. / Nourse, A. / Hammel, M. / Miller, D.J. / Walden, H. / Duda, D.M. / Seyedin, S.N. / Hoggard, T. / Harper, J.W. / White, K.P. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Speckle-type POZ protein
C: Puckered
D: Puckered
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4536
ポリマ－36,2614
非ポリマー1922
水4,972276
1
A: Speckle-type POZ protein
C: Puckered
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2273
ポリマ－18,1312
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7290 Å2
手法PISA
2
B: Speckle-type POZ protein
D: Puckered
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2273
ポリマ－18,1312
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.795, 43.690, 86.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16485.932 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-166 / 変異: D140G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド Puckered / SD08157p


分子量: 1644.669 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 91-106 / 由来タイプ: 合成
参照: UniProt: Q9VHV8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.66→20 Å / Num. obs: 38876 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3796 / Rsym value: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HQH

3hqh


解像度: 1.66→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.699 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25806 1934 5 %RANDOM
Rwork0.24659 ---
obs0.24721 36636 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.41 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2168 0 10 276 2454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.9573035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.915284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.15922.52791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.74115394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3941516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2670.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2351.51445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70622221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7073946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1234.5812
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Num. reflection Rwork: 2517 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54650.28180.06911.23710.09681.1307-0.03340.1046-0.0104-0.13240.0383-0.14660.0009-0.0406-0.0049-0.0748-0.011-0.0002-0.0163-0.0053-0.01990.564-0.03736.38
21.6931-0.34490.08141.314-0.02861.1269-0.0294-0.1181-0.01020.14450.040.15510.00740.0449-0.0106-0.07350.00860.0011-0.01230.0059-0.025-13.277-21.7825.095
310.20671.8431-1.118515.85890.94024.0063-0.13550.73380.0418-0.0193-0.2313-0.3554-0.27480.13780.3668-0.0422-0.0574-0.03010.10640.0737-0.21832.6444.36826.015
412.60779.96450.525816.97272.40177.1935-0.1098-0.69470.85-0.16250.07261.0238-0.055-0.16530.0372-0.13430.090.07210.0481-0.0179-0.0228-15.176-17.98115.894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2B28 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3C95 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4D96 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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