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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iji | ||||||
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タイトル | Structure of dipeptide epimerase from Bacteroides thetaiotaomicron complexed with L-Ala-D-Glu; nonproductive substrate binding. | ||||||
要素 | Muconate cycloisomeraseMuconate lactonizing enzyme | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Enolase superfamily / dipeptide epimerase / L-Ala-D-Glu / nonproductive binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-Ala-D/L-Glu epimerase activity / L-Ala-D/L-Glu epimerase / racemase and epimerase activity / peptide metabolic process / cell wall organization / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Homology models guide discovery of diverse enzyme specificities among dipeptide epimerases in the enolase superfamily. 著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, ...著者: Lukk, T. / Sakai, A. / Kalyanaraman, C. / Brown, S.D. / Imker, H.J. / Song, L. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Vetting, M.W. / Nair, S.K. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. / Jacobson, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iji.cif.gz | 164 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iji.ent.gz | 125.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3iji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/3iji | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ijlC 3ijqC 3ik4C 3jvaC 3jw7C 3jzuC 3k1gC 3kumC 3q45C 3q4dC 3r0kC 3r0uC 3r10C 3r11C 3r1zC 3ritC 3ro6C 1tkkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37533.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_1313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A861 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→25 Å / Num. all: 108564 / Num. obs: 108564 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1TKK 解像度: 1.6→24.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1551479.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.5754 Å2 / ksol: 0.35199 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.83 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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