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- PDB-3est: STRUCTURE OF NATIVE PORCINE PANCREATIC ELASTASE AT 1.65 ANGSTROMS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3est
タイトルSTRUCTURE OF NATIVE PORCINE PANCREATIC ELASTASE AT 1.65 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PORCINE PANCREATIC ELASTASE
キーワードHYDROLASE(SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Meyer, E.F. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Structure of native porcine pancreatic elastase at 1.65 A resolutions.
著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal Structures of the Complex of Porcine Pancreatic Elastase with Two Valine-Derived Benzoxazinone Inhibitors
著者: Radhakrishnan, R. / Presta, L.G. / Meyerjunior, E.F. / Wildonger, R.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Analysis of an Enzyme-Substrate Complex by X-Ray Crystallography and Transferred Nuclear Overhauser Enhancement Measurements: Porcine Pancreatic Elastase and a Hexapeptide
著者: Meyerjunior, E.F. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Hansen, H.A.S.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Structure of the Product Complex of Acetyl-Ala-Pro-Ala with Porcine Pancreatic Elastase at 1.65 Angstroms Resolution
著者: Meyerjunior, E.F. / Radhakrishnan, R. / Cole, G.M. / Presta, L.G.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Stereochemistry of Binding of the Tetrapeptide Acetyl-Pro-Ala-Pro-Tyr-NH2 to Porcine Pancreatic Elastase. Combined Use of Two-Dimensional Transferred Nuclear Overhauser Enhancement ...タイトル: Stereochemistry of Binding of the Tetrapeptide Acetyl-Pro-Ala-Pro-Tyr-NH2 to Porcine Pancreatic Elastase. Combined Use of Two-Dimensional Transferred Nuclear Overhauser Enhancement Measurements, Restrained Molecular Dynamics, X-Ray Crystallography and Molecular Modelling
著者: Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Carlson, G. / Meyer, E.F.
#5: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1985
タイトル: Stereospecific Reaction of 3-Methoxy-4-Chloro-7-Amino-Isocoumarin with Crystalline Porcine Pancreatic Elastase
著者: Meyerjunior, E.F. / Presta, L.G. / Radhakrishnan, R.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: The Atomic Structure of Crystalline Porcine Pancreatic Elastase at 2.5 Angstroms Resolution. Comparisons with the Structure of Alpha-Chymotrypsin
著者: Sawyer, L. / Shotton, D.M. / Campbell, J.W. / Wendell, P.L. / Muirhead, H. / Watson, H.C. / Diamond, R. / Ladner, R.C.
#7: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1973
タイトル: Atomic Coordinates for Tosyl-Elastase
著者: Sawyer, L. / Shotton, D.M. / Watson, H.C.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1970
タイトル: Amino-Acid Sequence of Porcine Pancreatic Elastase and its Homologies with Other Serine Proteinases
著者: Shotton, D.M. / Hartley, B.S.
#9: ジャーナル: Nature / 年: 1970
タイトル: Three-Dimensional Fourier Synthesis of Tosyl-Elastase at 3.5 Angstroms Resolution
著者: Watson, H.C. / Shotton, D.M. / Cox, J.M. / Muirhead, H.
#10: ジャーナル: Nature / 年: 1970
タイトル: Three Dimensional Structure of Tosyl-Elastase
著者: Shotton, D.M. / Watson, H.C.
#11: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 2
年: 1976
履歴
登録1987年9月17日-
改定 1.01988年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 700SHEET THE TWO SEVEN STRANDED SHEETS IN THIS STRUCTURE ARE REALLY SIX STRANDED BETA BARRELS. THIS IS ...SHEET THE TWO SEVEN STRANDED SHEETS IN THIS STRUCTURE ARE REALLY SIX STRANDED BETA BARRELS. THIS IS DENOTED BY THE FIRST STRAND RECURRING AS THE LAST STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PORCINE PANCREATIC ELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1604
ポリマ－25,9281
非ポリマー2323
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.100, 58.100, 75.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: THE FOLLOWING ATOMS WERE TREATED AS DUMMY ATOMS, WHICH MEANS THAT THEY CONTRIBUTED TO THE ENERGY REFINEMENT PART OF EREF BUT NOT TO THE CALCULATED STRUCTURE FACTORS -SER 36C OG, SER 37 OG, ARG 61 ...1: THE FOLLOWING ATOMS WERE TREATED AS DUMMY ATOMS, WHICH MEANS THAT THEY CONTRIBUTED TO THE ENERGY REFINEMENT PART OF EREF BUT NOT TO THE CALCULATED STRUCTURE FACTORS -SER 36C OG, SER 37 OG, ARG 61 (CZ,NH1,NH2), GLN 110 (CG,CD,OE1,NE2), ARG 125 (CG,CD,NE,CZ,NH1,NH2), SO4 290 (O1,O3).

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要素

#1: タンパク質 PORCINE PANCREATIC ELASTASE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SEVEN GROUPS OF WATER MOLECULES ARE REPORTED. THESE TEND TO BE CONSERVED IN THE FAMILY OF SERINE ...SEVEN GROUPS OF WATER MOLECULES ARE REPORTED. THESE TEND TO BE CONSERVED IN THE FAMILY OF SERINE PROTEASES. FUNCTIONAL IMPORTANCE IS PROPOSED FOR CLUSTERS WT1 (301-302-303-304-326-328-SURFACE) AND WT7 (313-314-315), WHICH ARE CHANNELS LINKING THE P1, THE PRIMARY SPECIFICITY SITE, WITH THE REMOTE, SOLVATED SURFACES OF THE ENZYME. CLUSTER WT4 (319-320-321) ESTABLISHES AN H-BONDING LINKAGE BETWEEN THE CATALYTIC TETRAD AND THE REMOTE SURFACE OF THE ENZYME, SUGGESTING A MECHANISM FOR A BASE TO EXTRACT A PROTON THAT, BY MEANS OF "FLIP-FLOP" H-BONDS, CAN BE PROPAGATED TO THE ACTIVE SITE SERINE 195. THIS H-BONDING LINKAGE IS NOW FOUND TO BE CONSERVED IN ALL SERINE PROTEASES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
詳細: took Meyer, Radhakrishman et al., (1986) from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 %(w/v)protein1buttom
20.1 Msodium acetate1buttom
30.02 %(w/v)sodium azide1buttom
40.1 Msodium sulfate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / Num. obs: 19232 / % possible obs: 66 % / Rmerge(I) obs: 0.093

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.169 / 最高解像度: 1.65 Å
詳細: THE FOLLOWING ATOMS WERE TREATED AS DUMMY ATOMS, WHICH MEANS THAT THEY CONTRIBUTED TO THE ENERGY REFINEMENT PART OF EREF BUT NOT TO THE CALCULATED STRUCTURE FACTORS -SER 36C OG, SER 37 OG, ...詳細: THE FOLLOWING ATOMS WERE TREATED AS DUMMY ATOMS, WHICH MEANS THAT THEY CONTRIBUTED TO THE ENERGY REFINEMENT PART OF EREF BUT NOT TO THE CALCULATED STRUCTURE FACTORS -SER 36C OG, SER 37 OG, ARG 61 (CZ,NH1,NH2), GLN 110 (CG,CD,OE1,NE2), ARG 125 (CG,CD,NE,CZ,NH1,NH2), SO4 290 (O1,O3).
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 11 127 1960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 7 Å / Rfactor all: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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