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- PDB-2wxb: Acetylglutamate kinase from Escherichia coli free of substrates -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wxb
タイトルAcetylglutamate kinase from Escherichia coli free of substrates
要素ACETYLGLUTAMATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / ACETYLGLUTAMATE KINASE / AMINOACID KINASE FAMILY / KINASE / ARGININE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate N-acetyltransferase activity / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / glutamate metabolic process / arginine biosynthetic process via ornithine / arginine biosynthetic process / phosphorylation / DNA damage response / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-Acetyl-L-glutamate kinase, noncyclic / Acetylglutamate kinase ArgB / Acetylglutamate kinase family / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / Acetylglutamate kinase / Acetylglutamate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ramon-Maiques, S. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2010
タイトル: Two Crystal Structures of Escherichia Coli N-Acetyl-L-Glutamate Kinase Demonstrate the Cycling between Open and Closed Conformations.
著者: Gil-Ortiz, F. / Ramon-Maiques, S. / Fernandez-Murga, M.L. / Fita, I. / Rubio, V.
履歴
登録2009年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLGLUTAMATE KINASE
B: ACETYLGLUTAMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8036
ポリマ-54,3732
非ポリマー4304
3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-21.2 kcal/mol
Surface area20970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.696, 78.696, 277.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A1 - 54
2115B1 - 54
1215A73 - 178
2215B73 - 178

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2369, 0.8983, 0.3702), (0.8866, -0.3557, 0.2956), (0.3972, 0.2581, -0.8807)
ベクター: -74.11, 31.1, 165.6)

-
要素

#1: タンパク質 ACETYLGLUTAMATE KINASE / NAG KINASE / AGK / N-ACETYL-L-GLUTAMATE 5-PHOSPHOTRANSFERASE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE KINASE


分子量: 27186.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / : BL21(DE3) / プラスミド: PET15-B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A6C8, UniProt: A0A140NEG9*PLUS, acetylglutamate kinase
#2: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O2S2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 26-32% PEG 4000 AND 0.1-0.3 M AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8468
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8468 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 35514 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GS5
解像度: 2→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.213 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1761 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 33717 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å2-0.72 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3796 0 24 176 3996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.9965233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83836280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7865513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.01125.775142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82315679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8091518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4821.52544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1351.51062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83624057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47731318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.334.51176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A930medium positional0.350.5
2B930medium positional0.350.5
1A972loose positional0.725
2B972loose positional0.725
1A930medium thermal0.532
2B930medium thermal0.532
1A972loose thermal0.6210
2B972loose thermal0.6210
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 130 -
Rwork0.237 2401 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.48351.04542.04514.6468-0.05644.90170.2603-0.5605-0.32860.5472-0.17630.0660.20060.0128-0.08390.2011-0.00620.06490.2370.04590.07189.37857.86116.153
211.59063.78311.12291.90191.00040.72360.3321-0.91430.68730.133-0.0717-0.097-0.00660.1368-0.26030.2974-0.03390.02420.3408-0.06860.254525.30969.665109.007
313.2958-7.10761.14273.8703-0.76550.5636-0.2182-0.45730.8650.05930.1798-0.4691-0.051-0.00670.03850.4043-0.0218-0.01460.3523-0.06030.370125.16982.578103.935
43.08780.47610.59974.5769-0.96732.6463-0.0536-0.1935-0.08790.1012-0.0335-0.168-0.10840.14720.08710.05740.01790.01630.09290.00180.023319.1762.298103.484
54.22870.7001-0.73743.628-0.11121.6483-0.05880.07260.1149-0.24960.07670.3188-0.1469-0.0361-0.0180.06580.0097-0.02320.07150.00310.02910.48466.70699.013
65.9972-6.6158-1.00947.84592.28996.6611-0.7563-1.31270.59070.86370.9483-0.4613-0.2456-0.0319-0.1920.31490.00440.04720.8896-0.25660.31282.11174.441123.609
710.51171.4513-2.73231.00851.976713.2277-0.7365-0.52051.09880.00740.5372-0.0824-0.97580.60420.19930.9920.2178-0.38060.8147-0.35030.6284.49584.08120.888
82.6321-1.8191.08666.0505-1.96975.4267-0.0917-0.4766-0.02650.5083-0.0069-0.01960.20380.11340.09870.22390.00880.03980.2732-0.02760.12882.17268.578117.368
92.4613-0.26710.38435.604-0.75123.0086-0.12820.216-0.0173-0.45160.0562-0.2071-0.36290.15370.0720.2454-0.01610.06350.1447-0.02420.068723.36952.67382.745
108.724710.92715.969213.73417.51274.1202-0.3110.3507-0.2641-0.30810.5061-0.3677-0.16680.3376-0.19520.20570.01970.040.32960.00990.290234.10460.23396.993
116.1945-4.58511.299614.2565-6.25952.9315-0.24450.0434-0.1389-0.9243-0.0272-1.16380.53710.07090.27160.38180.0535-0.0210.5464-0.18071.151143.47154.726105.61
122.79070.48780.56713.25640.28061.9959-0.0432-0.2314-0.35580.11310.0948-0.32790.07560.164-0.05150.08180.01760.05520.1040.01070.117124.89552.38199.887
131.6215-0.5179-0.06692.28440.71632.583-0.019-0.1497-0.25160.09770.1198-0.08790.14460.1846-0.10080.09330.00780.03940.08650.03420.147725.00546.96897.286
144.0687-4.5838-2.0168.282.5081.31570.2257-0.01930.1172-0.22940.0145-0.4256-0.0640.3351-0.24020.4619-0.07210.13050.4569-0.08830.368941.96641.19177.208
159.53984.0713-2.01632.98742.868211.6819-0.1066-0.2203-0.4788-0.23310.4968-0.4661-0.43811.956-0.39020.52070.05220.05570.69050.05360.900847.24639.74285.637
164.9345-0.16020.19516.3289-0.35163.8388-0.05820.18150.2925-0.48350.079-0.5503-0.20810.2564-0.02070.2023-0.02220.10860.1881-0.06580.241132.50243.07181.966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3A56 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4A67 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5A114 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6A177 - 199
7X-RAY DIFFRACTION7A200 - 217
8X-RAY DIFFRACTION8A218 - 258
9X-RAY DIFFRACTION9B1 - 38
10X-RAY DIFFRACTION10B39 - 55
11X-RAY DIFFRACTION11B56 - 69
12X-RAY DIFFRACTION12B70 - 137
13X-RAY DIFFRACTION13B138 - 179
14X-RAY DIFFRACTION14B180 - 199
15X-RAY DIFFRACTION15B200 - 217
16X-RAY DIFFRACTION16B218 - 258

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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