PDB-2wxb: Acetylglutamate kinase from Escherichia coli free of substrates

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wxb

タイトル

Acetylglutamate kinase from Escherichia coli free of substrates

要素

ACETYLGLUTAMATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / ACETYLGLUTAMATE KINASE / AMINOACID KINASE FAMILY / KINASE / ARGININE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate N-acetyltransferase activity / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / glutamate metabolic process / arginine biosynthetic process via ornithine / arginine biosynthetic process / phosphorylation / DNA damage response / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ramon-Maiques, S. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Two Crystal Structures of Escherichia Coli N-Acetyl-L-Glutamate Kinase Demonstrate the Cycling between Open and Closed Conformations.
著者: Gil-Ortiz, F. / Ramon-Maiques, S. / Fernandez-Murga, M.L. / Fita, I. / Rubio, V.

履歴

登録	2009年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wxb.cif.gz	112.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wxb.ent.gz	88.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wxb_validation.pdf.gz	474.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wxb_full_validation.pdf.gz	482.5 KB	表示
XML形式データ	2wxb_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	2wxb_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/2wxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/2wxb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2x2wC 1gs5S 1gsj 1oh9 1oha 1ohb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x2w-d 3t7b-d 5bro-d 3vgf-d 6awi-2 20807 3vgh-d 6bzg-d 4jz7-1 6awj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ACETYLGLUTAMATE KINASE

B: ACETYLGLUTAMATE KINASE

ヘテロ分子

54.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.696, 78.696, 277.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 54
2	1	1	5	B	1 - 54
1	2	1	5	A	73 - 178
2	2	1	5	B	73 - 178

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2369, 0.8983, 0.3702), (0.8866, -0.3557, 0.2956), (0.3972, 0.2581, -0.8807)
ベクター: -74.11, 31.1, 165.6)

#1: タンパク質	ACETYLGLUTAMATE KINASE / NAG KINASE / AGK / N-ACETYL-L-GLUTAMATE 5-PHOSPHOTRANSFERASE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE KINASE 分子量: 27186.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: PET15-B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A6C8, UniProt: A0A140NEG9*PLUS, acetylglutamate kinase
#2: 化合物	ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 26-32% PEG 4000 AND 0.1-0.3 M AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8468
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8468 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 35514 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GS5

1gs5

解像度: 2→19.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 10.213 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	1761	5 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.216	33717	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.44 Å²	-0.72 Å²	0 Å²
2-	-	-1.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3796	0	24	176	3996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3862
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.203	1.996	5233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.838	3	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.786	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.011	25.775	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.823	15	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.809	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.482	1.5	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.135	1.5	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.836	2	4057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.477	3	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.33	4.5	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	930	medium positional	0.35	0.5
2	B	930	medium positional	0.35	0.5
1	A	972	loose positional	0.72	5
2	B	972	loose positional	0.72	5
1	A	930	medium thermal	0.53	2
2	B	930	medium thermal	0.53	2
1	A	972	loose thermal	0.62	10
2	B	972	loose thermal	0.62	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	130	-
R_work	0.237	2401	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4835	1.0454	2.0451	4.6468	-0.0564	4.9017	0.2603	-0.5605	-0.3286	0.5472	-0.1763	0.066	0.2006	0.0128	-0.0839	0.2011	-0.0062	0.0649	0.237	0.0459	0.0718	9.378	57.86	116.153
2	11.5906	3.7831	1.1229	1.9019	1.0004	0.7236	0.3321	-0.9143	0.6873	0.133	-0.0717	-0.097	-0.0066	0.1368	-0.2603	0.2974	-0.0339	0.0242	0.3408	-0.0686	0.2545	25.309	69.665	109.007
3	13.2958	-7.1076	1.1427	3.8703	-0.7655	0.5636	-0.2182	-0.4573	0.865	0.0593	0.1798	-0.4691	-0.051	-0.0067	0.0385	0.4043	-0.0218	-0.0146	0.3523	-0.0603	0.3701	25.169	82.578	103.935
4	3.0878	0.4761	0.5997	4.5769	-0.9673	2.6463	-0.0536	-0.1935	-0.0879	0.1012	-0.0335	-0.168	-0.1084	0.1472	0.0871	0.0574	0.0179	0.0163	0.0929	0.0018	0.0233	19.17	62.298	103.484
5	4.2287	0.7001	-0.7374	3.628	-0.1112	1.6483	-0.0588	0.0726	0.1149	-0.2496	0.0767	0.3188	-0.1469	-0.0361	-0.018	0.0658	0.0097	-0.0232	0.0715	0.0031	0.029	10.484	66.706	99.013
6	5.9972	-6.6158	-1.0094	7.8459	2.2899	6.6611	-0.7563	-1.3127	0.5907	0.8637	0.9483	-0.4613	-0.2456	-0.0319	-0.192	0.3149	0.0044	0.0472	0.8896	-0.2566	0.3128	2.111	74.441	123.609
7	10.5117	1.4513	-2.7323	1.0085	1.9767	13.2277	-0.7365	-0.5205	1.0988	0.0074	0.5372	-0.0824	-0.9758	0.6042	0.1993	0.992	0.2178	-0.3806	0.8147	-0.3503	0.628	4.495	84.08	120.888
8	2.6321	-1.819	1.0866	6.0505	-1.9697	5.4267	-0.0917	-0.4766	-0.0265	0.5083	-0.0069	-0.0196	0.2038	0.1134	0.0987	0.2239	0.0088	0.0398	0.2732	-0.0276	0.1288	2.172	68.578	117.368
9	2.4613	-0.2671	0.3843	5.604	-0.7512	3.0086	-0.1282	0.216	-0.0173	-0.4516	0.0562	-0.2071	-0.3629	0.1537	0.072	0.2454	-0.0161	0.0635	0.1447	-0.0242	0.0687	23.369	52.673	82.745
10	8.7247	10.9271	5.9692	13.7341	7.5127	4.1202	-0.311	0.3507	-0.2641	-0.3081	0.5061	-0.3677	-0.1668	0.3376	-0.1952	0.2057	0.0197	0.04	0.3296	0.0099	0.2902	34.104	60.233	96.993
11	6.1945	-4.5851	1.2996	14.2565	-6.2595	2.9315	-0.2445	0.0434	-0.1389	-0.9243	-0.0272	-1.1638	0.5371	0.0709	0.2716	0.3818	0.0535	-0.021	0.5464	-0.1807	1.1511	43.471	54.726	105.61
12	2.7907	0.4878	0.5671	3.2564	0.2806	1.9959	-0.0432	-0.2314	-0.3558	0.1131	0.0948	-0.3279	0.0756	0.164	-0.0515	0.0818	0.0176	0.0552	0.104	0.0107	0.1171	24.895	52.381	99.887
13	1.6215	-0.5179	-0.0669	2.2844	0.7163	2.583	-0.019	-0.1497	-0.2516	0.0977	0.1198	-0.0879	0.1446	0.1846	-0.1008	0.0933	0.0078	0.0394	0.0865	0.0342	0.1477	25.005	46.968	97.286
14	4.0687	-4.5838	-2.016	8.28	2.508	1.3157	0.2257	-0.0193	0.1172	-0.2294	0.0145	-0.4256	-0.064	0.3351	-0.2402	0.4619	-0.0721	0.1305	0.4569	-0.0883	0.3689	41.966	41.191	77.208
15	9.5398	4.0713	-2.0163	2.9874	2.8682	11.6819	-0.1066	-0.2203	-0.4788	-0.2331	0.4968	-0.4661	-0.4381	1.956	-0.3902	0.5207	0.0522	0.0557	0.6905	0.0536	0.9008	47.246	39.742	85.637
16	4.9345	-0.1602	0.1951	6.3289	-0.3516	3.8388	-0.0582	0.1815	0.2925	-0.4835	0.079	-0.5503	-0.2081	0.2564	-0.0207	0.2023	-0.0222	0.1086	0.1881	-0.0658	0.2411	32.502	43.071	81.966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	56 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	67 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	114 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	177 - 199
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	200 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	218 - 258
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 38
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	39 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	56 - 69
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	70 - 137
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	138 - 179
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	180 - 199
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	200 - 217
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	218 - 258

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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