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万見
- PDB-6awj: Staphylococcus aureus Type II pantothenate kinase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6awj
タイトルStaphylococcus aureus Type II pantothenate kinase in complex with ADP and pantothenate analog Deoxy-MeO-N5Pan with pantothenate present in reaction
要素Type II pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / Staphylococcus aureus / SaPanK / ADP / pantothenate analog
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type II pantothenate kinase, bacterial / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-N7G / Type II pantothenate kinase / Type II pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Strauss, E. / Barnard, L. / Huang, Y.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-based identification of uncompetitive inhibitors for Staphylococcus aureus pantothenate kinase.
著者: Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Strauss, E. / Barnard, L. / Huang, Y.H.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II pantothenate kinase
B: Type II pantothenate kinase
C: Type II pantothenate kinase
D: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,91012
ポリマ－115,9914
非ポリマー2,9188
水2,792155
1
A: Type II pantothenate kinase
B: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4556
ポリマ－57,9962
非ポリマー1,4594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
2
C: Type II pantothenate kinase
D: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4556
ポリマ－57,9962
非ポリマー1,4594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.242, 57.285, 133.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Type II pantothenate kinase / PanK-II / Pantothenic acid kinase


分子量: 28997.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: coaW, AYM28_11860, AYM37_11860, ERS072738_01917, ERS074020_01878, HMPREF3211_02599
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6HHM8, UniProt: Q2FWC7*PLUS, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-N7G / (2R)-2-hydroxy-N-{3-[(5-methoxypentyl)amino]-3-oxopropyl}-3,3-dimethylbutanamide


分子量: 302.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月30日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→132 Å / Num. obs: 38162 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.54 % / Net I/σ(I): 7.75
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 13.972 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.111 / ESU R Free: 0.327
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1912 5 %RANDOM
Rwork0.2256 ---
obs0.2276 36241 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.22 Å2 / Biso mean: 35.878 Å2 / Biso min: 2.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.42 Å20 Å2-3.47 Å2
2---1.46 Å2-0 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8095 0 192 155 8442
Biso mean--25.21 30.8 -
残基数----1056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.028088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.97211433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5883.00518538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.04551050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.48625.263380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.768151383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8631532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021928
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 132 -
Rwork0.323 2637 -
all-2769 -
obs--98.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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