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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nqb | ||||||
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タイトル | Drosophila Nucleosome Structure | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / Nucleosome / NCP / chromatin / histone / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HDMs demethylate histones / Interleukin-7 signaling / PKMTs methylate histone lysines / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / Metalloprotease DUBs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins ...HDMs demethylate histones / Interleukin-7 signaling / PKMTs methylate histone lysines / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / Metalloprotease DUBs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / RMTs methylate histone arginines / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RNA Polymerase I Promoter Escape / polytene chromosome band / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Ub-specific processing proteases / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / larval somatic muscle development / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / UCH proteinases / polytene chromosome / nuclear chromosome / nucleosomal DNA binding / heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / chromosome / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / nucleic acid binding / protein heterodimerization activity / chromatin / protein-containing complex binding / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Luger, K. / Chakravarthy, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Comparative analysis of nucleosome structures from different species. 著者: Chakravarthy, S. / Luger, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nqb.cif.gz | 327.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nqb.ent.gz | 249.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2nqb_validation.pdf.gz | 515 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2nqb_full_validation.pdf.gz | 551 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2nqb_validation.xml.gz | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2nqb_validation.cif.gz | 57.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/2nqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/2nqb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1aoiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Each nucleosome has two copies each of histones H2A, H2B, H3 and H4, and a 146 base pairs long palindromic strand of DNA derived from human alpha-satellite sequence. |
-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#2: タンパク質 | 分子量: 15289.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: His4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02299 #3: タンパク質 | 分子量: 11390.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: His2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84040 #4: タンパク質 | 分子量: 13257.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: His2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84051 #5: タンパク質 | 分子量: 13680.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02283 |
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-DNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 266分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: His3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→99 Å / Num. all: 94877 / Num. obs: 93949 / % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 5358 / % possible all: 85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1AOI 解像度: 2.3→99 Å
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→99 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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