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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mxe | ||||||
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タイトル | Solution structure of the C-terminal domain of MvaT | ||||||
要素 | MvaT | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR | ||||||
機能・相同性 | MvaT, DNA-binding domain / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription activator activity / デオキシリボ核酸 / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / MvaT 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Ding, P. / Xia, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015 タイトル: A Novel AT-Rich DNA Recognition Mechanism for Bacterial Xenogeneic Silencer MvaT. 著者: Ding, P. / McFarland, K.A. / Jin, S. / Tong, G. / Duan, B. / Yang, A. / Hughes, T.R. / Liu, J. / Dove, S.L. / Navarre, W.W. / Xia, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mxe.cif.gz | 294.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mxe.ent.gz | 255.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mxe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6460.413 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 77-124) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: mvaT, PA4315 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW86 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MvaT, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software | 名称: AMBER 開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
NMR constraints | NOE constraints total: 1820 / NOE intraresidue total count: 557 / NOE long range total count: 242 / NOE medium range total count: 177 / NOE sequential total count: 299 / Protein chi angle constraints total count: 7 / Protein other angle constraints total count: 8 / Protein phi angle constraints total count: 32 / Protein psi angle constraints total count: 32 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |