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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hxp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the human phosphatase (DUSP9) | ||||||
要素 | Dual specificity protein phosphatase 9 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / 8638a / Human Phosphatase (ホスファターゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAP kinase tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / myosin phosphatase activity / negative regulation of MAPK cascade / protein-serine/threonine phosphatase / phosphoprotein phosphatase activity ...MAP kinase tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / myosin phosphatase activity / negative regulation of MAPK cascade / protein-serine/threonine phosphatase / phosphoprotein phosphatase activity / JNK cascade / ERK1 and ERK2 cascade / protein dephosphorylation / プロテインチロシンホスファターゼ / Negative regulation of MAPK pathway / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Madegowda, M. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2007 タイトル: Structural genomics of protein phosphatases. 著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hxp.cif.gz | 44.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hxp.ent.gz | 30.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hxp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hxp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1rxdC 2fh7C 2g59C 2hcmC 2hhlC 2hy3C 2i0oC 2i1yC 2i44C 2iq1C 2irmC 2isnC 2nv5C 2oycC 2p27C 2p4uC 2p69C 2p8eC 2pbnC 2q5eC 2qjcC 2r0bC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17680.049 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 201-345 / 変異: C290S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP9, MKP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q99956, プロテインチロシンホスファターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M Ammonium Sulphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1, 1.7 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月30日 / 詳細: Mirrors | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.83→24.7 Å / Num. all: 15038 / Num. obs: 14920 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.022 / Net I/σ(I): 47.1 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 19 / Num. unique all: 1481 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.83→24.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 270810.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues listed in remark 465 were not modeled due to lack of or weak electron density. The residual density was modeled as phosphate, however it could equally well be sulfate.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.3294 Å2 / ksol: 0.371511 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→24.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.83→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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