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- PDB-7jtz: Yeast Glo3 GAP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jtz
タイトルYeast Glo3 GAP domain
要素ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ArfGAP domain / GTPase activating protein domain / membrane trafficking / COPI
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI coating of Golgi vesicle / COPI-coated vesicle / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / protein transport / Golgi membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Xie, B. / Jackson, L.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM119525 米国
引用ジャーナル: Adv Biol Regul / 年: 2021
タイトル: The Glo3 GAP crystal structure supports the molecular niche model for ArfGAPs in COPI coats.
著者: Xie, B. / Jung, C. / Chandra, M. / Engel, A. / Kendall, A.K. / Jackson, L.P.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
A: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
C: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
D: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,41910
ポリマ－70,9734
非ポリマー4466
水2,666148
1
B: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9013
ポリマ－17,7431
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8092
ポリマ－17,7431
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8092
ポリマ－17,7431
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9013
ポリマ－17,7431
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.369, 74.031, 77.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.344, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein GLO3 / ARF GAP GLO3


分子量: 17743.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GLO3, YER122C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38682
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % / 解説: needle/blade shape
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.77118 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77118 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→41.2017 Å / Num. obs: 34082 / % possible obs: 93.55 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 37.55 Å2 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / Num. unique obs: 34082 / Rrim(I) all: 0.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Coot精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P57

2p57


解像度: 2.07→41.2 Å / SU ML: 0.3281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.2325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1678 4.98 %
Rwork0.1811 32021 -
obs0.1839 33699 92.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4500 0 16 148 4664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00734598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88166187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0497688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.42761721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.130.45061300.44072490X-RAY DIFFRACTION86.87
2.13-2.20.31151480.30712822X-RAY DIFFRACTION98.87
2.2-2.280.3958970.31691897X-RAY DIFFRACTION66.05
2.28-2.370.2691410.23042853X-RAY DIFFRACTION98.88
2.37-2.480.24251600.20372782X-RAY DIFFRACTION97.55
2.48-2.610.27431410.19492701X-RAY DIFFRACTION93.89
2.61-2.770.27171450.19632745X-RAY DIFFRACTION95.95
2.77-2.990.27461570.1992873X-RAY DIFFRACTION99.7
2.99-3.290.25791420.18272869X-RAY DIFFRACTION99.54
3.29-3.760.22081350.1652515X-RAY DIFFRACTION87.4
3.76-4.740.1871280.1292503X-RAY DIFFRACTION86.46
4.74-41.20.19451540.14852971X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.05287170864-4.28225912643.209059503164.57942448937-3.393751678142.576219944161.074842060790.407370198960.320046403311.23227540599-1.67841925494-0.590915489292-0.4269399439360.5392461829140.9016165499210.788848327105-0.0828518396526-0.1485861673530.651747512659-0.1453164795760.74086318492426.518908224728.577851092440.7477662045
28.404047531.392271346344.936160161482.395781226921.502206073138.519403815040.203671340201-1.864396712920.7470460786411.614518061410.01339174389140.807241779056-1.14153057543-0.942838826403-0.08808033997150.653958903715-0.0397070674050.1417848997080.513306256046-0.1126176042640.49771236447810.631821000624.664972706442.7785138103
32.35779479427-0.4709977368570.3333090005482.348160871790.4187901372427.524592833120.148855471566-0.365715870696-0.1797832717750.176967532680.3470773557240.990387495225-0.0376480123427-0.586710101126-0.4862860326820.40665844451-0.0958982179513-0.01919747272010.4573498910470.1067431931410.4993147077896.1892839547810.837824571237.1588703228
49.58794069123.97042765667-1.772144913759.60964011946-0.8090295094616.767512868990.209532002161-0.391650545438-0.2197471792020.665869415134-0.1424413176350.102644257150.120135020528-0.0515616545757-0.01915699079260.281865784471-0.0369912508096-0.05303037383510.209987297569-0.01890483971760.2235130627516.198762763312.621686120436.1721298927
57.112640460234.55513806289-3.994135482076.28704243622-0.4484835899635.219551764310.0714764992675-0.170541451893-0.750203873638-0.124691691228-0.262329560156-0.686826597191-0.05897515962880.003272939444950.2644496541510.2885127532610.0335081341251-0.05022454730330.3529180924140.1075657698950.3831710671721.68078328177.2891405031836.6268396394
66.52280446487-0.7730865638690.5285197171159.31844687734-1.400266649926.83520864360.0601536303387-0.963001613079-0.1556931133320.8088330478940.107951436009-0.310244403161-0.493867113511-0.00524161180008-0.1332036850190.336446100079-0.06333822010140.013151280750.326617882057-0.01199606463860.20523710320618.679188243421.882643366938.5939875036
75.664457943760.442912332121-2.903996360746.225202945494.919319949298.02950899068-0.4623855270180.3630761697210.0191623241225-1.237768220740.1204545492921.41202788121-0.562226180045-0.7991617125440.4197491843580.390434960299-0.0762358278956-0.1678329693110.3785124178890.07461187719740.3901337965127.8338664336715.122020467524.5381015092
84.180944341872.98205124777-3.751204780692.61854431534-4.011815704138.00661486637-0.104560484733-0.0604968402858-1.70871530783-1.557908101050.4067707680660.4587948690250.759625261755-0.724000094004-0.3423325131310.598420647549-0.0765952022545-0.1535240788270.3765479159770.006970418522910.65006537702412.68744788864.0084095586124.7422665951
97.461129649632.370365682121.071311146442.909196196224.095011644267.69737787187-0.3106477838870.4243020390240.594473173588-0.6202456095350.559165502452-0.105060751272-0.08371502833050.233244424506-0.2385242118770.354704052611-0.0570355118070.01442263690020.2213989433550.01199301325750.22295911995419.663859568222.010851284224.3989837019
105.981738022785.70160736383-5.972682672415.84429308329-6.256292722186.79504091254-0.378767436841-1.01286590791.150962897820.7440818370390.7972977390520.611099333603-0.165292733885-0.544488533379-0.5007153173240.643997555483-0.01167764119240.1041702822350.353820706839-0.1050081900910.55490219581217.127204765133.213527074835.6160250216
113.907118747961.759803531073.788719811718.51562349081-0.4112857212024.37341639804-0.2220179785930.3362581050480.692397858513-0.638208627987-0.197571865692-0.0757211228901-0.341703271104-0.2935348928760.4684597066680.4606313264140.09420972300150.01059969454890.429465933926-0.03413202216690.33342682388137.97007540820.087394284514.4181739806
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 4 through 11 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 12 through 24 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 25 through 40 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 41 through 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 52 through 70 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 71 through 88 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 89 through 98 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 99 through 118 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 119 through 138 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 139 through 146 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 7 through 24 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 25 through 70 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 71 through 98 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 99 through 118 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 119 through 138 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 139 through 145 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 7 through 24 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 25 through 88 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 89 through 104 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 105 through 118 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 119 through 138 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 139 through 146 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 8 through 24 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 25 through 77 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 78 through 98 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 99 through 111 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 112 through 146 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る