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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bh3 | ||||||
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タイトル | Zn substituted E. coli Aminopeptidase P in complex with product | ||||||
要素 | XAA-PRO AMINOPEPTIDASEXaa-Proアミノペプチダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PROLINE-SPECIFIC PEPTIDASE / PRODUCT COMPLEX / METALLOENZYME (金属タンパク質) / PITA-BREAD FOLD / DINUCLEAR HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Xaa-Proアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / タンパク質分解 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Graham, S.C. / Bond, C.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Structural and Functional Implications of Metal Ion Selection in Aminopeptidase P, a Metalloprotease with a Dinuclear Metal Center. 著者: Graham, S.C. / Bond, C.S. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bh3.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bh3.ent.gz | 79.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bh3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1w2mC 1w7vC 1wbqC 1wl6C 1wl9C 1wlrC 2bhaC 2bhbC 2bhcC 2bhdC 2bn7C 1n51S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 49744.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: DIPEPTIDE PRODUCT OF AMINOPEPTIDASE P (FORMED BY CLEVAGE OF XAA-PRO-LEU TRIPEPTIDE SUBSTRATE) 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: AN1459 / プラスミド: PPL670 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P15034, Xaa-Proアミノペプチダーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 154分子
#2: 化合物 | ChemComp-PRO / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-LEU / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-FLC / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7 詳細: AMINOPEPTIDASE P WAS DIALYSED AGAINST EGTA PRIOR TO CRYSTALLISATION. CRYSTALS WERE GROWN IN 26% MPD, 100 MM NACITRATE (PH 7.0) AND 200 MM MGACETATE AT 4C. CRYSTALS WERE SOAKED FOR 2 HOURS IN ...詳細: AMINOPEPTIDASE P WAS DIALYSED AGAINST EGTA PRIOR TO CRYSTALLISATION. CRYSTALS WERE GROWN IN 26% MPD, 100 MM NACITRATE (PH 7.0) AND 200 MM MGACETATE AT 4C. CRYSTALS WERE SOAKED FOR 2 HOURS IN RESERVOIR SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 1 MM ZNCL2 AND 10 MM PROLEU DIPEPTIDE PRIOR TO DATA COLLECTION. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200H / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月11日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→60 Å / Num. obs: 43466 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 55.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1N51 STRIPPED OF MULTIPLE CONFORMERS, SOLVENT ATOMS AND HETERO COMPOUNDS 解像度: 2.4→60.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 8.434 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SUFFICIENT DENSITY WAS NOT PRESENT FOR COMPLETE MODELLING OF RESIDUES A439 OR A440
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→60.19 Å
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拘束条件 |
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