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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zs0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex between MMP-8 and a phosphonate inhibitor (S-enantiomer) | ||||||
要素 | Neutrophil collagenase好中球コラゲナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / phosphonic inhibitor / sulphonamide junction / stereoselective inhibition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 好中球コラゲナーゼ / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...好中球コラゲナーゼ / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / tertiary granule lumen / peptidase activity / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / タンパク質分解 / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å | ||||||
データ登録者 | Pochetti, G. / Gavuzzo, E. / Campestre, C. / Agamennone, M. / Tortorella, P. / Consalvi, V. / Gallina, C. / Hiller, O. / Tschesche, H. / Tucker, P.A. / Mazza, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural insight into the stereoselective inhibition of MMP-8 by enantiomeric sulfonamide phosphonates. 著者: Pochetti, G. / Gavuzzo, E. / Campestre, C. / Agamennone, M. / Tortorella, P. / Consalvi, V. / Gallina, C. / Hiller, O. / Tschesche, H. / Tucker, P.A. / Mazza, F. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: X-ray structure of human stromelysin catalytic domain complexed with nonpeptide inhibitors: implications for inhibitor selectivity 著者: Pavlovsky, A.G. / Williams, M.G. / Ye, Q.Z. / Ortwine, D.F. / Purchase II, C.F. / White, A.D. / Dhanaraj, V. / Roth, B.D. / Johnson, L.L. / Hupe, D. / Humblet, C. / Blundell, T.L. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2000 タイトル: Two crystal structures of human neutrophil collagenase, one complexed with a primed- and the other with an unprimed-side inhibitor: implications for drug design 著者: Gavuzzo, E. / Pochetti, G. / Mazza, F. / Gallina, C. / Gorini, B. / D'Alessio, S. / Pieper, M. / Tschesche, H. / Tucker, P.A. #3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995 タイトル: X-ray structures of human neutrophil collagenase complexed with peptide hydroxamate and peptide thiol inhibitors. Implications for substrate binding and rational drug design. 著者: Grams, F. / Reinemer, P. / Powers, J.C. / Kleine, T. / Pieper, M. / Tschesche, H. / Huber, R. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zs0.cif.gz | 56 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zs0.ent.gz | 37.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zs0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zs0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zs0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18111.744 Da / 分子数: 1 断片: Catalytic domain of neutrophil collagenase (Residues:80-242) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP8, CLG1 / プラスミド: pSVB30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22894, 好中球コラゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 250分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EIN / ( | #5: 化合物 | ChemComp-MES / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG6000, MES/NaOH, NaCl, CaCl2, ZnCl2, Na Phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8042 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8042 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→30 Å / Num. all: 21703 / Num. obs: 21073 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.62 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / % possible all: 90.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1I76 解像度: 1.56→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→10 Å
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拘束条件 |
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