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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rmf | ||||||
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タイトル | STRUCTURES OF A MONOCLONAL ANTI-ICAM-1 ANTIBODY R6.5 FRAGMENT AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / : / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Jedrzejas, M.J. / Luo, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Structure of a monoclonal anti-ICAM-1 antibody R6.5 Fab fragment at 2.8 A resolution. 著者: Jedrzejas, M.J. / Miglietta, J. / Griffin, J.A. / Luo, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rmf.cif.gz | 110.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rmf.ent.gz | 90.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/1rmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/1rmf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 100 / 3: CIS PROLINE - PRO L 146 / 4: CIS PROLINE - PRO H 9 5: ALA H 131 - PRO H 132 OMEGA = 220.96 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 6: CIS PROLINE - PRO H 153 / 7: CIS PROLINE - PRO H 155 8: TRP H 194 - PRO H 195 OMEGA = 51.63 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24068.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S16112 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23114.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 2852989 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: その他 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | Num. obs: 12598 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(I): 2 |
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反射 | *PLUS Observed criterion σ(I): 25.2 / Num. measured all: 32642 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→6.5 Å / σ(F): 4 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6.5 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 28.2 |