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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rk4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Soluble Dimeric Form of Oxidised CLIC1 | ||||||
要素 | CHLORIDE INTRACELLULAR CHANNEL PROTEIN 1Chloride channel | ||||||
キーワード | ION TRANSPORT/MEMBRANE PROTEIN / GLUTATHIONE-S-TRANFERASE SUPERFAMILY / CHLORIDE ION CHANNEL / REDOX-CONTROLLED STRUCTURAL TRANSITION / ION TRANSPORT-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride transport / chloride channel activity / 刷子縁 / chloride channel complex / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of mitochondrial membrane potential / 血小板 / 核膜 / blood microparticle / 核膜 ...chloride transport / chloride channel activity / 刷子縁 / chloride channel complex / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of mitochondrial membrane potential / 血小板 / 核膜 / blood microparticle / 核膜 / vesicle / cadherin binding / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / シグナル伝達 / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.792 Å | ||||||
データ登録者 | Littler, D.R. / Harrop, S.J. / Fairlie, W.D. / Brown, L.J. / Pankhurst, G.J. / Pankhurst, S. / DeMaere, M.Z. / Campbell, T.J. / Bauskin, A.R. / Tonini, R. ...Littler, D.R. / Harrop, S.J. / Fairlie, W.D. / Brown, L.J. / Pankhurst, G.J. / Pankhurst, S. / DeMaere, M.Z. / Campbell, T.J. / Bauskin, A.R. / Tonini, R. / Mazzanti, M. / Breit, S.N. / Curmi, P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: The Intracellular Chloride Ion Channel Protein CLIC1 Undergoes a Redox-controlled Structural Transition 著者: Littler, D.R. / Harrop, S.J. / Fairlie, W.D. / Brown, L.J. / Pankhurst, G.J. / Pankhurst, S. / DeMaere, M.Z. / Campbell, T.J. / Bauskin, A.R. / Tonini, R. / Mazzanti, M. / Breit, S.N. / Curmi, P.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rk4.cif.gz | 100.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rk4.ent.gz | 77.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rk4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rk4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1k0mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27096.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC1, NCC27 / プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O00299 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG MME 5000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: RIGAKU MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→57.74 Å / Num. all: 40766 / Num. obs: 38677 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.53 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 40808 / % possible obs: 95.3 % / Num. measured all: 163232 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.86 Å / % possible obs: 85.1 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1K0M 解像度: 1.792→57.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.593 / SU ML: 0.081 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.997 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.792→57.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.792→1.839 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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