[日本語] English
万見
- PDB-4nhx: Crystal structure of human OGFOD1, 2-oxoglutarate and iron-depend... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nhx
タイトルCrystal structure of human OGFOD1, 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain containing 1, in complex with N-oxalylglycine (NOG)
要素2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / jelly-roll fold / translation / ribosome / double-stranded beta helix / oxygen sensing / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline hydroxylation / peptidyl-proline 3-dioxygenase activity / protein hydroxylation / peptidyl-proline dioxygenase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / regulation of translational termination / L-ascorbic acid binding / Protein hydroxylation / stress granule assembly / cytoplasmic stress granule ...peptidyl-proline hydroxylation / peptidyl-proline 3-dioxygenase activity / protein hydroxylation / peptidyl-proline dioxygenase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / regulation of translational termination / L-ascorbic acid binding / Protein hydroxylation / stress granule assembly / cytoplasmic stress granule / cell population proliferation / iron ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase, C-terminal degradation domain / Prolyl 3,4-dihydroxylase TPA1/OFD1, N-terminal domain / : / Oxoglutarate and iron-dependent oxygenase degradation C-term / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. ...Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase, C-terminal degradation domain / Prolyl 3,4-dihydroxylase TPA1/OFD1, N-terminal domain / : / Oxoglutarate and iron-dependent oxygenase degradation C-term / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / Prolyl 3-hydroxylase OGFOD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å
データ登録者Horita, S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of the Ribosomal Oxygenase OGFOD1 Provides Insights into the Regio- and Stereoselectivity of Prolyl Hydroxylases.
著者: Horita, S. / Scotti, J.S. / Thinnes, C. / Mottaghi-Taromsari, Y.S. / Thalhammer, A. / Ge, W. / Aik, W. / Loenarz, C. / Schofield, C.J. / McDonough, M.A.
履歴
登録2013年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8175
ポリマ－65,4991
非ポリマー3174
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.401, 64.401, 232.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain-containing protein 1 / Termination and polyadenylation 1 homolog


分子量: 65499.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OGFOD1, KIAA1612, TPA1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N543, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q8N543, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

-
非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.7 mM MnCl2, 1.0 mM OGA, 25% (w/v) PEG 1500, 100 mM MIB buffer and 100 mM glycine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.8344 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8344 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 33393 / Num. obs: 33097 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 16.2 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.186.10.6482.5191.7
2.18-2.2610.10.5833199.2
2.26-2.3714.30.5094.51100
2.37-2.49180.42361100
2.49-2.6518.20.3448.51100
2.65-2.85190.267141100
2.85-3.1418.90.20214.81100
3.14-3.5919.20.16917.31100
3.59-4.52190.14518.51100
4.52-5017.90.1219.81100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3KT7

3kt7


解像度: 2.105→45.239 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU ML: 0.23 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2154 2004 6.07 %Random
Rwork0.1887 ---
obs0.1904 33004 98.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.7004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.105→45.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 18 175 3927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr
LS精密化 シェル解像度: 2.1053→2.158 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3383 119 -
Rwork0.2965 --
obs--85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.1162 Å / Origin y: 9.1731 Å / Origin z: 57.5758 Å
111213212223313233
T0.3728 Å20.05 Å2-0.0177 Å2-0.2654 Å2-0.0074 Å2--0.1957 Å2
L3.7739 °22.8039 °2-1.4561 °2-2.938 °2-1.2218 °2--1.0293 °2
S-0.0329 Å °-0.1718 Å °-0.0735 Å °-0.2621 Å °-0.1179 Å °-0.0032 Å °0.1248 Å °0.1517 Å °0.1652 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA24 - 542
2X-RAY DIFFRACTION1allA601 - 975

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る