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- PDB-2nyf: Crystal structure of phenylalanine ammonia-lyase from Nostoc punc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nyf
タイトルCrystal structure of phenylalanine ammonia-lyase from Nostoc punctiforme
要素Nostoc punctiforme phenylalanine ammonia lyase
キーワードLYASE / Methylidene imidazolone prosthetic group (autocatalytically formed by internal tripeptide segment Ala167-Ser168-Gly169)
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine ammonia-lyase / cinnamic acid biosynthetic process / phenylpropanoid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / aromatic amino acid metabolic process / protein homotetramerization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like ...Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenylalanine ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Louie, G.V. / Moffitt, M.C. / Bowman, M.E. / Pence, J. / Noel, J.P. / Moore, B.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Discovery of Two Cyanobacterial Phenylalanine Ammonia Lyases: Kinetic and Structural Characterization.
著者: Moffitt, M.C. / Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Pence, J. / Noel, J.P. / Moore, B.S.
履歴
登録2006年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
Remark 600 HETEROGEN Residue MDO is autocatalytically formed by internal tripeptide segment Ala167-Ser168-Gly169
Remark 999Sequence No suitable database references were found at time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nostoc punctiforme phenylalanine ammonia lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2651
ポリマ－62,2651
非ポリマー00
水55831
1
A: Nostoc punctiforme phenylalanine ammonia lyase

A: Nostoc punctiforme phenylalanine ammonia lyase

A: Nostoc punctiforme phenylalanine ammonia lyase

A: Nostoc punctiforme phenylalanine ammonia lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,0594
ポリマ－249,0594
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area26360 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area57300 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.279, 91.486, 151.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1024-

HOH

21A-1027-

HOH

詳細The 222 symmetric homotetramer is generated by crystallographic symmetry.

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要素

#1: タンパク質 Nostoc punctiforme phenylalanine ammonia lyase


分子量: 62264.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / プラスミド: pHIS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B2J528*PLUS, histidine ammonia-lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MOPSO (pH 7.0), 21% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.2 M lithium sulfate, 2 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 18191 / Num. obs: 16902 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.56
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1809 / % possible all: 69.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOLREP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→100 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: Random / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.305 770 Random
Rwork0.247 --
obs-15884 -
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3936 0 0 31 3967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.03
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.29
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.01
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.45
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.375 74
Rwork0.32 -
obs-1204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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