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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1lka | ||||||
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タイトル | Porcine Pancreatic Elastase/Ca-Complex | ||||||
要素 | Elastase 1エラスターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / chymotrypsin-fold / beta-barrel (Βバレル) / calcium binding (カルシウム) / chloride binding (塩化物) / acetate binding (酢酸塩) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Weiss, M.S. / Panjikar, S. / Nowak, E. / Tucker, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Metal binding to porcine pancreatic elastase: calcium or not calcium. 著者: Weiss, M.S. / Panjikar, S. / Nowak, E. / Tucker, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1lka.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1lka.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1lka.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/1lka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/1lka | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: sodium acetate, sodium citrate, calcium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 298 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.5 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→99 Å / Num. all: 24468 / Num. obs: 24468 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 31.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.015 / Mean I/σ(I) obs: 19.9 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 24469 / 冗長度: 15.78 % / Num. measured all: 386243 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.015 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1QNJ 解像度: 1.7→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
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拘束条件 | タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.01 | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.1689 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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