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万見
- PDB-1i8j: CRYSTAL STRUCTURE OF PORPHOBILINOGEN SYNTHASE COMPLEXED WITH THE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i8j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PORPHOBILINOGEN SYNTHASE COMPLEXED WITH THE INHIBITOR 4,7-DIOXOSEBACIC ACID
要素PORPHOBILINOGEN SYNTHASEDelta-aminolevulinic acid dehydratase
キーワードLYASE (リアーゼ) / HEME BIOSYNTHESIS (ヘム) / MAGNESIUM (マグネシウム) / 4 / 7-DIOXOSEBACIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4,7-DIOXOSEBACIC ACID / Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kervinen, J. / Jaffe, E.K. / Stauffer, F. / Neier, R. / Wlodawer, A. / Zdanov, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Mechanistic basis for suicide inactivation of porphobilinogen synthase by 4,7-dioxosebacic acid, an inhibitor that shows dramatic species selectivity.
著者: Kervinen, J. / Jaffe, E.K. / Stauffer, F. / Neier, R. / Wlodawer, A. / Zdanov, A.
履歴
登録2001年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN Atoms C4 and C7 of DSB form a Schiff base to NZ of Lys246 and NZ of Lys194. The oxygens ...HETEROGEN Atoms C4 and C7 of DSB form a Schiff base to NZ of Lys246 and NZ of Lys194. The oxygens on the C4 and C7 are eliminated during this reaction.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
B: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7158
ポリマ－71,0752
非ポリマー6406
水5,693316
1
A: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
B: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
ヘテロ分子

A: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
B: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
ヘテロ分子

A: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
B: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
ヘテロ分子

A: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
B: PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,86032
ポリマ－284,3018
非ポリマー2,55924
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area46270 Å2
ΔGint-379 kcal/mol
Surface area74710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.741, 128.741, 142.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 PORPHOBILINOGEN SYNTHASE / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE / 5-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE


分子量: 35537.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACB2, porphobilinogen synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DSB / 4,7-DIOXOSEBACIC ACID / 4,7-ジオキソセバシン酸


分子量: 230.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ATOMS C4 AND C7 OF DSB FORM A SCHIFF BASE TO NZ OF LYS246 AND NZ OF LYS194. THE OXYGENS ON THE C4 ...ATOMS C4 AND C7 OF DSB FORM A SCHIFF BASE TO NZ OF LYS246 AND NZ OF LYS194. THE OXYGENS ON THE C4 AND C7 ARE ELIMINATED DURING THIS REACTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, GLYCEROL, TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
310 mMbeta-mercaptoethanol1drop
40.020 mM1dropZnCl2
510 mM1dropMgCl2
62.5 %PEG33501reservoir
710 %glycerol1reservoir
80.1 MTris-HCl1reservoir
90.02 %sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月10日 / 詳細: OSMIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35 Å / Num. all: 94638 / Num. obs: 94536 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1b4e

1b4e


解像度: 1.9→35 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.247 9416 RANDOM
Rwork0.1983 --
all-94638 -
obs-94242 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4906 0 32 316 5254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.91
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 35 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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