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- PDB-5mhb: Product-Complex of E.coli 5-Amino Laevulinic Acid Dehydratase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mhb
タイトルProduct-Complex of E.coli 5-Amino Laevulinic Acid Dehydratase
要素Delta-aminolevulinic acid dehydratase
キーワードLYASE / Dehydratase / Tetrapyrrole Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PBG / Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Norton, E. / Erskine, P.T. / Shoolingin-Jordan, P.M. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Structural studies of substrate and product complexes of 5-aminolaevulinic acid dehydratase from humans, Escherichia coli and the hyperthermophile Pyrobaculum calidifontis.
著者: Mills-Davies, N. / Butler, D. / Norton, E. / Thompson, D. / Sarwar, M. / Guo, J. / Gill, R. / Azim, N. / Coker, A. / Wood, S.P. / Erskine, P.T. / Coates, L. / Cooper, J.B. / Rashid, N. / ...著者: Mills-Davies, N. / Butler, D. / Norton, E. / Thompson, D. / Sarwar, M. / Guo, J. / Gill, R. / Azim, N. / Coker, A. / Wood, S.P. / Erskine, P.T. / Coates, L. / Cooper, J.B. / Rashid, N. / Akhtar, M. / Shoolingin-Jordan, P.M.
履歴
登録2016年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年12月7日ID: 5IC2
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3688
ポリマ－35,6691
非ポリマー6997
水5,891327
1
A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,94064
ポリマ－285,3508
非ポリマー5,59056
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area54960 Å2
ΔGint-743 kcal/mol
Surface area74300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.619, 128.619, 142.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-800-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Delta-aminolevulinic acid dehydratase / ALADH / Porphobilinogen synthase


分子量: 35668.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hemB, ncf, b0369, JW0361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACB2, porphobilinogen synthase
#2: 化合物 ChemComp-PBG / 3-[5-(AMINOMETHYL)-4-(CARBOXYMETHYL)-1H-PYRROL-3-YL]PROPANOIC ACID / 2-AMINOMETHYLPYRROL-3-ACETIC ACID 4-PROPIONIC ACID / PORPHOBILINOGEN / 5-(AMINOMETHYL)-4-(CARBOXYMETHYL)-1H-PYRROLE-3-PROPANOIC ACID


分子量: 226.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: ALAD at 7 mg per ml mixed with equal volume of well solution: 200 mM Tris pH 8.0 - 8.4, 2 % saturated Ammonium sulphate, 200 microM zinc sulphate, 6 mM beta-mercaptoethanol and 3 mM ...詳細: ALAD at 7 mg per ml mixed with equal volume of well solution: 200 mM Tris pH 8.0 - 8.4, 2 % saturated Ammonium sulphate, 200 microM zinc sulphate, 6 mM beta-mercaptoethanol and 3 mM porphobilinogen. Crystals were grown in the dark.
PH範囲: 8.0 - 8.4 / Temp details: Room temperature.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1411.069
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1120.834
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE1997年11月6日
MAR scanner 300 mm plate2IMAGE PLATE1998年6月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0691
20.8341
反射

Entry-ID: 5MHB

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.1-36.83424897.14.827.10.9940.11617.8
2.07-23.843448795.270.9980.078215.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.214.30.7251.90.692198
2.07-2.194.30.3683.20.911268.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM5.8.0107データ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1b4e

1b4e


解像度: 2.1→95.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.475 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21285 1761 5.1 %RANDOM
Rwork0.15676 ---
obs0.15953 32987 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.462 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→95.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 37 327 2848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0192573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5411.983463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3463.0015726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6645326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42123.391115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63815455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4111524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9332.1141298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9332.1131297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8943.1581623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8933.1591624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0052.5061275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9222.5071275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.73.6121840
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.63418.7163077
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.39117.732942
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 111 -
Rwork0.218 2225 -
obs--91.36 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.4608 Å / Origin y: -25.5379 Å / Origin z: 14.2922 Å
111213212223313233
T0.1868 Å2-0.1029 Å20.0495 Å2-0.0934 Å2-0.0168 Å2--0.031 Å2
L0.3228 °2-0.0187 °20.0551 °2-0.0184 °20.0043 °2--0.9253 °2
S-0.0077 Å °-0.0825 Å °0.0119 Å °-0.0103 Å °-0.0072 Å °-0.02 Å °0.2318 Å °-0.1411 Å °0.0148 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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