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万見
- PDB-5hms: X-ray structure of human recombinant 5-aminolaevulinic acid dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hms
タイトルX-ray structure of human recombinant 5-aminolaevulinic acid dehydratase (hrALAD).
要素Delta-aminolevulinic acid dehydratase
キーワードLYASE / TIM barrel / tetrapyrrole biosynthesis / dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex binding / response to vitamin B1 / response to platinum ion / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / response to aluminum ion ...proteasome core complex binding / response to vitamin B1 / response to platinum ion / porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / response to aluminum ion / cellular response to lead ion / response to mercury ion / response to selenium ion / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / response to fatty acid / response to cobalt ion / response to methylmercury / response to arsenic-containing substance / response to iron ion / response to herbicide / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / response to ionizing radiation / response to zinc ion / response to vitamin E / response to amino acid / cellular response to interleukin-4 / catalytic activity / response to cadmium ion / response to glucocorticoid / response to activity / protein homooligomerization / secretory granule lumen / response to ethanol / ficolin-1-rich granule lumen / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / Neutrophil degranulation / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase, active site / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Delta-aminolevulinic acid dehydratase active site. / Delta-aminolevulinic acid dehydratase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta-aminolevulinic acid dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Butler, D. / Erskine, P.T. / Cooper, J.B. / Shoolingin-Jordan, P.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Structural studies of substrate and product complexes of 5-aminolaevulinic acid dehydratase from humans, Escherichia coli and the hyperthermophile Pyrobaculum calidifontis.
著者: Mills-Davies, N. / Butler, D. / Norton, E. / Thompson, D. / Sarwar, M. / Guo, J. / Gill, R. / Azim, N. / Coker, A. / Wood, S.P. / Erskine, P.T. / Coates, L. / Cooper, J.B. / Rashid, N. / ...著者: Mills-Davies, N. / Butler, D. / Norton, E. / Thompson, D. / Sarwar, M. / Guo, J. / Gill, R. / Azim, N. / Coker, A. / Wood, S.P. / Erskine, P.T. / Coates, L. / Cooper, J.B. / Rashid, N. / Akhtar, M. / Shoolingin-Jordan, P.M.
履歴
登録2016年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年3月1日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8094
ポリマ－72,6782
非ポリマー1312
水7,116395
1
A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
ヘテロ分子

A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
ヘテロ分子

A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
ヘテロ分子

A: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
B: Delta-aminolevulinic acid dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,23416
ポリマ－290,7118
非ポリマー5238
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area42480 Å2
ΔGint-543 kcal/mol
Surface area79540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.079, 127.079, 91.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Delta-aminolevulinic acid dehydratase / ALADH / Porphobilinogen synthase / 5-aminolaevulinic acid dehydratase


分子量: 36338.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALAD / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13716, porphobilinogen synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1 M MES pH 6.2 - 6.5, 1 - 1.6 M ammonium sulphate, 10 mM dithiothreitol, 100 microM zinc chloride, 0 - 10 % dioxane.
PH範囲: 6.2 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.2 Å / Num. all: 18874 / Num. obs: 18874 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 69.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+51 / 解像度: 2.8→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 16.305 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26517 973 5.1 %RANDOM
Rwork0.17229 ---
obs0.17708 17923 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.649 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å2-0 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5076 0 2 395 5473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195196
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9747052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05311482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.595656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.48522.613222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.00815848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4731546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2074.9612630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2074.962629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3277.4343284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3277.4353285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0745.2732566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0735.2742567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1637.7613769
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.12638.9215679
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.08538.8015627
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 77 -
Rwork0.23 1244 -
obs--97.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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