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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ejd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of unliganded mura (type1) | ||||||
要素 | UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / inside-out alpha/beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Eschenburg, S. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2000 タイトル: Comparative X-ray analysis of the un-liganded fosfomycin-target murA. 著者: Eschenburg, S. / Schonbrunn, E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Role of the Loop Containing Residue 115 in the Induced-fit Mechanism of the Bacterial Cell Wall Biosynthetic Enzyme MurA 著者: Schonbrunn, E. / Eschenburg, S. / Krekel, F. / Luger, K. / Amrhein, N. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyltransferase, the target of the antibiotic fosfomycin 著者: Schonbrunn, E. / Sack, S. / Eschenburg, S. / Perrakis, A. / Krekel, F. / Amrhein, N. / Mandelkow, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ejd.cif.gz | 196.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ejd.ent.gz | 155.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ejd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/1ejd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/1ejd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44829.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-HAI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 M sodium/potassium phosphate including 30 mM cyclohexylammonium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.4 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→17 Å / Num. all: 155426 / Num. obs: 155426 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.75 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.246 / % possible all: 87.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 738470 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1NAW without solvent molecules 解像度: 1.55→17 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: the following HOH were modelled as alternatives to their respective PO4: HOH 9 PO4 2424 HOH 1 PO4 2432 HOH 7 PO4 2427 HOH 11 PO4 2432 There is either the HOH molecule or the PO4, so they do ...詳細: the following HOH were modelled as alternatives to their respective PO4: HOH 9 PO4 2424 HOH 1 PO4 2432 HOH 7 PO4 2427 HOH 11 PO4 2432 There is either the HOH molecule or the PO4, so they do not see each other. The PO4 ions in these HOH-PO4 pairs are labelled alternate conformation A, and the HOH is labelled alternate conformation B. The same is valid for O HOH 8 and NH2 ARG252 in chain B. The water molecule occupies one of the alternative side chain positions. HOH 8 has alternate conformation A, since it occupies alternate conformation A NH2 ARG252.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.2566 Å2 / ksol: 0.388307 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→17 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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