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- PDB-1cem: ENDOGLUCANASE A (CELA) CATALYTIC CORE, RESIDUES 33-395 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cem
タイトルENDOGLUCANASE A (CELA) CATALYTIC CORE, RESIDUES 33-395
要素CELLULASE CELA (1,4-BETA-D-GLUCAN-GLUCANOHYDROLASE)
キーワードGLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / GLYCOSYL HYDROLASE (グリコシダーゼ) / CELLULASE (セルラーゼ) / FAMILY D/8 OF GLYCOSYL HYDROLASES / CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM
機能・相同性
機能・相同性情報


セルラーゼ / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily ...Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoglucanase A / Endoglucanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Alzari, P.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of endoglucanase CelA, a family 8 glycosyl hydrolase from Clostridium thermocellum.
著者: Alzari, P.M. / Souchon, H. / Dominguez, R.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization of a Family 8 Cellulase from Clostridium Thermocellum
著者: Souchon, H. / Beguin, P. / Alzari, P.M.
履歴
登録1995年12月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULASE CELA (1,4-BETA-D-GLUCAN-GLUCANOHYDROLASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3451
ポリマ－40,3451
非ポリマー00
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.118, 63.518, 104.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CELLULASE CELA (1,4-BETA-D-GLUCAN-GLUCANOHYDROLASE) / ENDO-1 / 4-BETA-GLUCANASE A


分子量: 40345.277 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE RESIDUES 33-395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: NCIB 10682 / 遺伝子: CELA / プラスミド: PCT128 (PTZ18R) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04955, UniProt: A3DC29*PLUS, セルラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE COORDINATES REPORTED IN THIS ENTRY ARE THOSE OF THE CATALYTIC CORE, RESIDUES 33 - 395, OBTAINED ...THE COORDINATES REPORTED IN THIS ENTRY ARE THOSE OF THE CATALYTIC CORE, RESIDUES 33 - 395, OBTAINED AFTER PAPAIN DIGESTION OF THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 38 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown
詳細: macroseeding, Souchon, H., (1996) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 25, 134.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MTris11pH7.5
20.2 M11NaCl
317 %PEG400011
40.1 MTris-HCl12pH7.2
515 %PEG800012

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 39653 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.26 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射
*PLUS
Num. obs: 39868 / Num. measured all: 249508
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.155

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 1.65→10 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.191 -
Rwork0.162 -
obs0.162 39653
原子変位パラメータBiso mean: 14.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2850 0 0 266 3116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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