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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1av7 | ||||||
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タイトル | SUBTILISIN CARLSBERG L-NAPHTHYL-1-ACETAMIDO BORONIC ACID INHIBITOR COMPLEX | ||||||
要素 | SUBTILISIN CARLSBERG, TYPE VIII | ||||||
キーワード | SERINE PROTEASE / HYDROLASE / BORONIC ACID INHIBITORS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus licheniformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / ISOSTRUCTURAL TO 1SCA / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Stoll, V.S. / Eger, B.T. / Hynes, R.C. / Martichonok, V. / Jones, J.B. / Pai, E.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Differences in binding modes of enantiomers of 1-acetamido boronic acid based protease inhibitors: crystal structures of gamma-chymotrypsin and subtilisin Carlsberg complexes. 著者: Stoll, V.S. / Eger, B.T. / Hynes, R.C. / Martichonok, V. / Jones, J.B. / Pai, E.F. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996 タイトル: Probing the Specificity of the Serine Proteases Subtilisin Carlsberg and A-Chymotrypsin with Enantiomeric 1-Acetamido Boronic Acids. An Unexpected Reversal of the Normal "L"-Stereoselectivity Preference 著者: Martichonok, V. / Jones, J.B. #2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 1994 タイトル: Probing the Specificity of the S1 Binding Site of Subtilisin Carlsberg with Boronic Acids 著者: Seufer-Wasserthal, P. / Martichonok, V. / Keller, T.H. / Chin, B. / Martin, R. / Jones, J.B. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Enzyme Crystal Structure in a Neat Organic Solvent 著者: Fitzpatrick, P.A. / Steinmetz, A.C. / Ringe, D. / Klibanov, A.M. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: The Structure of Subtilopeptidase A. I. X-Ray Crystallographic Data 著者: Petsko, G.A. / Tsernoglou, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1av7.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1av7.ent.gz | 43.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1av7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1av7_validation.pdf.gz | 415 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1av7_full_validation.pdf.gz | 421.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1av7_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1av7_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/1av7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/1av7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27562.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA / 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 参照: UniProt: P00780, subtilisin | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE 274 RESIDUES ARE NUMBERED 1 - 275 WITH RESIDUE 56 DELETED TO CONFORM TO SEQUENCE NUMBERING IN ...THE 274 RESIDUES ARE NUMBERED 1 - 275 WITH RESIDUE 56 DELETED TO CONFORM TO SEQUENCE NUMBERING IN SUBTILISIN | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 % 解説: STARTING MODEL WAS RE-INDEXED TO CONFORM TO AXIS LABELING CONVENTION A | 結晶化 | pH: 7 / 詳細: AS GIVEN IN REFERENCE 4, pH 7.0 | |||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: batch method / 詳細: Petsko, G.A., (1976) J.Mol.Biol., 106, 453. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年8月1日 / 詳細: FRANKS MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 6080 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 58.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.121 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOSTRUCTURAL TO 1SCA 開始モデル: PDB ENTRY 1SCA 解像度: 2.6→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: GROUPED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.086 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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