PDB-6o44: Insight into subtilisin E-S7 cleavage pattern based on crystal st...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o44

タイトル

Insight into subtilisin E-S7 cleavage pattern based on crystal structure and hydrolysates peptide analysis

要素

Nattokinase

キーワード

HYDROLASE / subtilisin

機能・相同性

機能・相同性情報

subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / kinase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Tang, H. / Shi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Insight into subtilisin E-S7 cleavage pattern based on crystal structure and hydrolysates peptide analysis.
著者: Tang, H. / Zhang, J. / Shi, K. / Aihara, H. / Du, G.

履歴

登録	2019年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o44.cif.gz	300.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o44.ent.gz	247.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6o44_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o44_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	6o44_validation.xml.gz	25.7 KB	表示
CIF形式データ	6o44_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/6o44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/6o44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1subS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1s01-d 1scd-d 5gl8-1 1af4-d 1sca-d 1aqn-d 1scb-d 1ak9-d 1av7-d 1sbh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (16)

登録構造単位

A: Nattokinase

B: Nattokinase

ヘテロ分子

58.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nattokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nattokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.177, 80.123, 87.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Nattokinase 分子量: 28862.793 Da / 分子数: 2 / 変異: S327C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: aprN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A024B5N4, UniProt: P04189*PLUS, subtilisin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, PEG 4,000, Tris-HCl (pH 8.0).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→59.162 Å / Num. obs: 46392 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.62
反射シェル	解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 1.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 4571 / CC_1/2: 0.5 / R_pim(I) all: 0.77 / R_rim(I) all: 1.76 / % possible all: 99.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3247: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SUB

1sub

解像度: 1.83→59.162 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	2243	4.85 %
R_work	0.1867	-	-
obs	0.1885	46276	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→59.162 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3908	0	33	452	4393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4022
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.641	5484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.158	2346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	716

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.8698	0.3324	140	0.3228	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8698-1.9133	0.2925	143	0.2859	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9133-1.9612	0.3589	125	0.2763	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9612-2.0142	0.3172	126	0.2528	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0142-2.0735	0.2884	130	0.2398	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0735-2.1404	0.2888	136	0.2164	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1404-2.2169	0.2198	124	0.2034	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2169-2.3056	0.2367	143	0.1995	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3056-2.4106	0.2334	130	0.1873	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4106-2.5377	0.2543	142	0.1759	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5377-2.6967	0.2248	134	0.1667	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6967-2.9049	0.2075	150	0.1635	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9049-3.1972	0.1907	167	0.1644	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1972-3.6598	0.1895	165	0.155	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6598-4.6107	0.1541	142	0.1415	2799	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6107-59.193	0.218	146	0.1868	2863	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3875	-1.9636	0.126	3.9083	-2.2696	3.893	0.1947	0.0255	-0.3541	-0.0237	-0.2264	-0.0008	0.2707	-0.0048	-0.0107	0.2685	0.0089	-0.0979	0.2079	-0.0072	0.1747	5.0931	-7.4207	-36.4483
2	0.3252	0.3057	-0.2701	2.1316	1.2263	1.9346	-0.0568	-0.0564	0.1806	-0.0328	-0.0201	0.1884	-0.1281	-0.1616	0.0797	0.212	0.0137	-0.1102	0.1817	0.0385	0.2384	1.5298	6.7682	-26.6307
3	1.0494	-0.4337	-1.109	1.1795	0.583	1.486	0.0281	0.0118	0.1074	-0.0369	-0.0205	-0.115	-0.1064	0.03	-0.0114	0.1814	-0.0132	-0.1141	0.1527	0.0151	0.2572	7.425	6.8745	-25.4319
4	8.3494	-0.2075	2.4152	4.1442	-0.9302	6.1021	0.1599	-0.3501	0.154	0.2972	-0.3103	-0.0152	-0.0237	0.4987	0.142	0.2056	-0.0097	-0.0835	0.1646	0.0149	0.306	7.4054	7.7409	-15.3567
5	0.352	-0.0161	-0.9518	2.9437	-0.8114	2.9876	-0.0597	-0.0246	-0.0691	0.0107	0.0516	0.1393	-0.0736	0.0788	-0.0371	0.1479	-0.0016	-0.0547	0.1491	-0.01	0.2028	-1.0829	1.1196	-10.086
6	0.8335	-0.0126	-0.229	1.0584	-0.1593	0.4885	-0.0606	-0.0101	-0.0749	0.0325	0.0408	0.0109	0.0333	-0.0097	0.0223	0.1803	0.0119	-0.0991	0.1737	-0.0045	0.2262	5.649	-9.2607	-20.2085
7	6.4111	-2.503	4.4801	3.0996	-1.7379	6.1668	0.0177	-0.0264	-0.5267	-0.143	0.141	0.2711	-0.0201	-0.1122	-0.2207	0.1853	-0.0136	-0.097	0.128	-0.0015	0.2576	3.0154	-19.196	-24.6425
8	1.279	0.5696	-0.976	0.8229	-0.6961	2.3848	0.1596	0.0323	0.141	0.1391	-0.0804	-0.1433	-0.0408	0.1676	-0.0454	0.154	-0.0029	-0.11	0.188	-0.0033	0.2055	-31.9983	-5.0273	-7.4003
9	0.9339	-0.4321	-0.2515	1.7474	1.4214	2.9073	0.0383	-0.0714	-0.2478	0.2281	-0.1094	0.0133	0.2798	0.1227	0.0645	0.1872	-0.0474	-0.0777	0.1654	0.0304	0.1935	-35.5635	-19.1866	-17.3131
10	1.3113	-0.053	0.3132	1.2003	0.5989	1.8457	0.0526	-0.0146	-0.1416	0.0127	0.0343	-0.1546	0.1242	0.0276	-0.0538	0.1959	0.0005	-0.0898	0.1463	0.0234	0.2197	-29.6829	-19.2909	-18.5039
11	6.4454	-0.4864	-3.8313	2.7437	0.3201	5.7659	-0.0883	0.0443	-0.2447	-0.1406	-0.0617	-0.276	0.2887	0.4063	0.1077	0.2224	-0.004	-0.0725	0.1831	0.0161	0.2032	-29.7363	-20.1894	-28.6259
12	1.5833	-0.6729	0.3616	1.8786	0.092	2.6099	0.0585	0.162	0.0698	-0.2426	-0.1312	0.1384	-0.1596	0.2133	0.0693	0.2319	0.011	-0.1088	0.2125	0.0097	0.2149	-37.9235	-13.5956	-33.8302
13	1.2524	-0.1094	-0.0061	0.4922	0.1382	0.7148	-0.006	0.0432	0.1378	-0.0672	-0.0286	-0.0603	-0.0481	0.0248	0.0289	0.1988	0.0059	-0.1031	0.1626	-0.0033	0.2534	-31.4877	-3.1925	-23.5096
14	5.7007	4.0426	-5.5708	3.9215	-3.7414	5.8743	0.1455	0.2608	0.3105	-0.0366	0.0264	0.0371	-0.1358	-0.2028	-0.1305	0.1649	0.0155	-0.1233	0.1746	0.0274	0.2787	-34.0502	6.7991	-19.1455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 89 through 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 104 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 145 through 252 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 253 through 276 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 19 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 49 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 50 through 88 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 89 through 103 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 104 through 144 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 145 through 252 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 253 through 276 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)