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- PDB-1ad9: IGG-FAB FRAGMENT OF ENGINEERED HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY CTM01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ad9
タイトルIGG-FAB FRAGMENT OF ENGINEERED HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY CTM01
要素
  • IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN (抗体) / FAB FRAGMENT
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Banfield, M.J. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: VL:VH domain rotations in engineered antibodies: crystal structures of the Fab fragments from two murine antitumor antibodies and their engineered human constructs.
著者: Banfield, M.J. / King, D.J. / Mountain, A. / Brady, R.L.
履歴
登録1997年2月24日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)
A: IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0395
ポリマ－95,9434
非ポリマー961
水27015
1
L: IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9722
ポリマ－47,9722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
2
A: IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0683
ポリマ－47,9722
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
3
A: IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

L: IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0395
ポリマ－95,9434
非ポリマー961
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x+1/2,-y+1,z+1/21
Buried area7930 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area39150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.390, 104.630, 119.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IGG CTM01 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 24161.998 Da / 分子数: 2 / 断片: CTM01 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): NSO CELLS / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 468243
#2: 抗体 IGG CTM01 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23809.568 Da / 分子数: 2 / 断片: CTM01 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): NSO CELLS / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AMINO ACIDS ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING SYSTEM FOR ANTIBODIES (KABAT, E.A., WU, T. ...AMINO ACIDS ARE NUMBERED ACCORDING TO THE KABAT NUMBERING SYSTEM FOR ANTIBODIES (KABAT, E.A., WU, T.T., REID-MILLER, M., PERRY, H.M. & GOTTESMAN, K.S. SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST , 4TH ED., NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA , MD. 1987.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化pH: 7.6
詳細: 13-18% PEG4000/200-250MM LISO4, BUFFERED AT PH7.6 WITH 100MM TRIS
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMbis-Tris1drop
210 mg/mlprotein1drop
313-18 %PEG40001reservoir
4200-250 mM1reservoirLiSO4
5100 mMTris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 25776 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.8→3.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 143861 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.377

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AD0

1ad0


解像度: 2.8→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1302 5.1 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 25502 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.35 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 5 15 20
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 148 4.8 %
Rwork0.347 2952 -
obs--98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2SO4.PARSO4.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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