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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a5s | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF WILD-TYPE TRYPTOPHAN SYNTHASE COMPLEXED WITH 5-FLUOROINDOLE PROPANOL PHOSPHATE AND L-SER BOUND AS AMINO ACRYLATE TO THE BETA SITE | ||||||
要素 | (TRYPTOPHAN SYNTHASE ...) x 2 | ||||||
キーワード | COMPLEX (LYASE/INHIBITOR) / LYASE / CARBON-OXYGEN LYASE / TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS / PYRIDOXAL PHOSPHATE / COMPLEX (LYASE-INHIBITOR) / COMPLEX (LYASE-INHIBITOR) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / ISOMORPHOUS WITH PDB ENTRY 1WSY. / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Schneider, T.R. / Gerhardt, E. / Lee, M. / Liang, P.-H. / Anderson, K.S. / Schlichting, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Loop closure and intersubunit communication in tryptophan synthase. 著者: Schneider, T.R. / Gerhardt, E. / Lee, M. / Liang, P.H. / Anderson, K.S. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a5s.cif.gz | 136.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a5s.ent.gz | 105.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a5s_validation.pdf.gz | 774.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1a5s_full_validation.pdf.gz | 800.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a5s_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a5s_validation.cif.gz | 39.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/1a5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/1a5s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-TRYPTOPHAN SYNTHASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 細胞株: CB149 / 遺伝子: TRPA/TRPB / プラスミド: PSTB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42988.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 細胞株: CB149 / 遺伝子: TRPA/TRPB / プラスミド: PSTB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00933, UniProt: P0A2K1*PLUS, tryptophan synthase |
-非ポリマー , 5種, 120分子
#3: 化合物 | ChemComp-FIP / |
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#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#6: 化合物 | ChemComp-SER / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | RESIDUE 902 C SER IS NOT REALLY SERINE BUT AN AMINOACRYL |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of enzyme and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.15 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: SYNCHROTRON |
放射 | モノクロメーター: SYNCHROTRON / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.15 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 31198 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 89.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 68449 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH PDB ENTRY 1WSY. 開始モデル: 1WSY 1wsy 解像度: 2.3→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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