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- EMDB-3851: Near-atomic resolution fibril structure of complete amyloid-beta(... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3851
タイトルNear-atomic resolution fibril structure of complete amyloid-beta(1-42) by cryo-EM
試料Beta-amyloid protein 42 fibrils
由来Homo sapiens / ヒト
マップデータThe density map was sharpened by a B-factor of -50 Ang^2 and filtered to 3.5 Ang. This density map was used for model building and refinement.
手法らせん対称再構成法, 4Å分解能
データ登録者Gremer L / Schoelzel D
引用Science, 2017

Science, 2017 StrPapers
Fibril structure of amyloid-ß(1-42) by cryoelectron microscopy.
Lothar Gremer / Daniel Schölzel / Carla Schenk / Elke Reinartz / Jörg Labahn / Raimond B G Ravelli / Markus Tusche / Carmen Lopez-Iglesias / Wolfgang Hoyer / Henrike Heise / Dieter Willbold / Gunnar F Schröder

構造検証レポートPDB-ID: 5oqv

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年8月14日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年9月13日 / マップ公開: 2017年9月13日 / 最新の更新: 2017年9月13日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


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中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
表示/非表示
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3851.map.gz (map file in CCP4 format, 40311 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
216 pix
0.94 Å/pix.
= 201.96 Å
216 pix
0.94 Å/pix.
= 201.96 Å
216 pix
0.94 Å/pix.
= 201.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.935 Å
密度
表面のレベル:0.028 (by author), 0.028 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.2759506 - 0.35235986
平均 (標準偏差)3.571115E-5 (0.012035223)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions216216216
Origin-107-107-107
Limit108108108
Spacing216216216
セルA=B=C: 201.96 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9350.9350.935
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z201.960201.960201.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-107-107-107
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.2760.3520.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Beta-amyloid protein 42 fibrils

全体名称: Beta-amyloid protein 42 fibrils / 構成要素数: 2

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構成要素 #1: タンパク質, Beta-amyloid protein 42 fibrils

タンパク質名称: Beta-amyloid protein 42 fibrils / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens / ヒト
由来(合成)発現系: Escherichia coli / バクテリア / エシェリキア・コリ, 大腸菌 /

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構成要素 #2: タンパク質, Amyloid beta A4 protein

タンパク質名称: Amyloid beta A4 protein / 組換発現: No
分子量理論値: 4.520087 kDa
由来(合成)発現系: Homo sapiens / ヒト

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実験情報

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試料調製

試料の状態線維
らせんパラメータ軸対称性: C1 (非対称) / ΔZ: 2.335 Å / Δφ: -179.275 deg.
試料溶液緩衝液: in water / pH: 2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: 2.5 microL sample was applied to the grid, blotted for 2.5 s before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 24 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 110000 X (公称値) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: OTHER

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2026

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画像解析

解析手法: らせん対称再構成法
3次元再構成ソフトウェア: SPARX / 分解能: 4 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: For the even/odd test, the fibrils were split after the final reconstruction (no gold-standard). These two half sets were then refined further independently for another 12 iterations.
FSCプロット (分解能の見積もり)

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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