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- EMDB-31120: TFIID-based core PIC on RPLP1 promoter -

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データベース: EMDB / ID: EMD-31120
タイトルTFIID-based core PIC on RPLP1 promoter
マップデータ
試料TFIID-based core PIC on RPLP1 promoter
機能・相同性
機能・相同性情報


spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / Formation of the Early Elongation Complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Capping / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / FGFR2 alternative splicing ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / Formation of the Early Elongation Complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Capping / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / FGFR2 alternative splicing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Promoter Escape / TFIIH-class transcription factor complex binding / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of RNA Pol II elongation complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / pre-snoRNP complex / negative regulation of histone H4 acetylation / DNA-templated transcription open complex formation / Dual incision in TC-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / negative regulation of protein autoubiquitination / STAGA complex / negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II core complex assembly / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / PCAF complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / phosphatase activator activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / SLIK (SAGA-like) complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of core promoter binding / transcription factor TFIIF complex / regulation of DNA binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription regulator inhibitor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / SAGA complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of response to cytokine stimulus / inner cell mass cell proliferation / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / maintenance of protein location in nucleus / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / positive regulation of androgen receptor activity / histone deubiquitination / hepatocyte differentiation / general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase I Transcription Termination / box C/D snoRNP assembly / transcription factor catabolic process / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / negative regulation of histone acetylation / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / C2H2 zinc finger domain binding / Formation of the Early Elongation Complex / positive regulation by host of viral transcription / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / FGFR2 alternative splicing / male pronucleus / female pronucleus / Viral Messenger RNA Synthesis / positive regulation of viral transcription / RNA polymerase binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription initiation from RNA polymerase I promoter / thyroid hormone receptor binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / vitamin D receptor binding / maintenance of transcriptional fidelity during DNA-templated transcription elongation from RNA polymerase II promoter / midbrain development / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / RNA polymerase complex / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / HIV Transcription Initiation / Transcription of the HIV genome / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / regulation of fat cell differentiation / termination of RNA polymerase I transcription / Pausing and recovery of HIV elongation / HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II activity
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類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.6 Å
データ登録者Chen X / Qi Y / Hou H / Wang X / Wu Z / Li J / Xu Y
引用ジャーナル: Science / : 2021
タイトル: Structural insights into preinitiation complex assembly on core promoters.
著者: Xizi Chen / Yilun Qi / Zihan Wu / Xinxin Wang / Jiabei Li / Dan Zhao / Haifeng Hou / Yan Li / Zishuo Yu / Weida Liu / Mo Wang / Yulei Ren / Ze Li / Huirong Yang / Yanhui Xu /
要旨: Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the ...Transcription factor IID (TFIID) recognizes core promoters and supports preinitiation complex (PIC) assembly for RNA polymerase II (Pol II)-mediated eukaryotic transcription. We determined the structures of human TFIID-based PIC in three stepwise assembly states and revealed two-track PIC assembly: stepwise promoter deposition to Pol II and extensive modular reorganization on track I (on TATA-TFIID-binding element promoters) versus direct promoter deposition on track II (on TATA-only and TATA-less promoters). The two tracks converge at an ~50-subunit holo PIC in identical conformation, whereby TFIID stabilizes PIC organization and supports loading of cyclin-dependent kinase (CDK)-activating kinase (CAK) onto Pol II and CAK-mediated phosphorylation of the Pol II carboxyl-terminal domain. Unexpectedly, TBP of TFIID similarly bends TATA box and TATA-less promoters in PIC. Our study provides structural visualization of stepwise PIC assembly on highly diversified promoters.
履歴
登録2021年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2021年5月19日-
現状2021年5月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 480 pix.
= 548.16 Å
1.14 Å/pix.
x 480 pix.
= 548.16 Å
1.14 Å/pix.
x 480 pix.
= 548.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.142 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.16605149 - 0.5236849
平均 (標準偏差)0.00043093684 (±0.03446762)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 548.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1421.1421.142
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z548.160548.160548.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.1660.5240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 TFIID-based core PIC on RPLP1 promoter

全体名称: TFIID-based core PIC on RPLP1 promoter / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, TFIID-based core PIC on RPLP1 promoter

タンパク質名称: TFIID-based core PIC on RPLP1 promoter / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 50 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: OTHER

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 14448
3次元再構成解像度: 15.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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