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- EMDB-12611: RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promote... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12611
タイトルRNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position
マップデータ
試料RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position
  • RPB1POLR2A
  • DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...ポリメラーゼ) x 5
  • RPOL4c domain-containing protein
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...RNAポリメラーゼ) x 2
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • RNA polymerase II subunit KRNAポリメラーゼII
  • (Transcription initiation factor ...) x 4
  • (nucleic-acid核酸) x 2
  • TATA-box-binding protein
  • (General transcription factor IIF subunit ...) x 2
  • General transcription factor IIE subunit 1
  • (ligandリガンド) x 2
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase I Transcription Initiation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA polymerase II core complex assembly / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase I Transcription Initiation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA polymerase II core complex assembly / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Capping / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Promoter Escape / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / FGFR2 alternative splicing / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Transcriptional regulation by small RNAs / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / transcription factor TFIIE complex / phosphatase activator activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / positive regulation of core promoter binding / transcription factor TFIIF complex / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIIA complex / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA Polymerase I Transcription Termination / general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / FGFR2 alternative splicing / male pronucleus / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / female pronucleus / Formation of the Early Elongation Complex / Viral Messenger RNA Synthesis / mRNA Capping / recruitment of 3'-end processing factors to RNA polymerase II holoenzyme complex / positive regulation of viral transcription / mRNA export from nucleus in response to heat stress / transcription initiation from RNA polymerase I promoter / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / thyroid hormone receptor binding / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / maintenance of transcriptional fidelity during DNA-templated transcription elongation from RNA polymerase II promoter / Signaling by FGFR2 IIIa TM / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Pausing and recovery of HIV elongation / HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of gene expression, epigenetic / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / snRNA transcription by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / transcription factor TFIID complex / RNA metabolic process / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II activity / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / RNA polymerase II complex binding / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / アセチル化 / acetyltransferase activity / TFIIB-class transcription factor binding / mRNA cleavage / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. ...Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription factor E / Transcription initiation factor IIE / TFIIE alpha subunit / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF, beta subunit HTH domain / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / TFIIB zinc-binding / Zinc finger, TFIIB-type / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID repeat signature. / TATA結合タンパク質 / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / TBP domain superfamily / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit RPB4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerase subunit RPB10 / DNA-directed RNA polymerase, subunit N/Rpb10 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase RPB5 subunit, eukaryote/virus / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit CX / C2C2 Zinc finger / Zinc finger TFIIS-type profile. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIF subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / General transcription factor IIF subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / General transcription factor IIE subunit 1 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit E ...General transcription factor IIF subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / General transcription factor IIF subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / General transcription factor IIE subunit 1 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RNA polymerase II subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA_pol_L_2 domain-containing protein / RNA polymerase II subunit D / Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Pig (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / unidentified adenovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Aibara S / Schilbach S / Cramer P
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission894862 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 39072994 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP2191 ドイツ
European Research Council (ERC)882357 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of mammalian RNA polymerase II pre-initiation complexes.
著者: Shintaro Aibara / Sandra Schilbach / Patrick Cramer /
要旨: The initiation of transcription is a focal point for the regulation of gene activity during mammalian cell differentiation and development. To initiate transcription, RNA polymerase II (Pol II) ...The initiation of transcription is a focal point for the regulation of gene activity during mammalian cell differentiation and development. To initiate transcription, RNA polymerase II (Pol II) assembles with general transcription factors into a pre-initiation complex (PIC) that opens promoter DNA. Previous work provided the molecular architecture of the yeast and human PIC and a topological model for DNA opening by the general transcription factor TFIIH. Here we report the high-resolution cryo-electron microscopy structure of PIC comprising human general factors and Sus scrofa domesticus Pol II, which is 99.9% identical to human Pol II. We determine the structures of PIC with closed and opened promoter DNA at 2.5-2.8 Å resolution, and resolve the structure of TFIIH at 2.9-4.0 Å resolution. We capture the TFIIH translocase XPB in the pre- and post-translocation states, and show that XPB induces and propagates a DNA twist to initiate the opening of DNA approximately 30 base pairs downstream of the TATA box. We also provide evidence that DNA opening occurs in two steps and leads to the detachment of TFIIH from the core PIC, which may stop DNA twisting and enable RNA chain initiation.
履歴
登録2021年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年6月16日-
現状2021年6月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 5
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  • 原子モデル: PDB-7nvs
  • 表面レベル: 5
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12611.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.05 Å/pix.
x 450 pix.
= 472.5 Å		1.05 Å/pix.
x 450 pix.
= 472.5 Å		1.05 Å/pix.
x 450 pix.
= 472.5 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-49.104683 - 77.62385
平均 (標準偏差)-0.00090580527 (±0.9825688)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
Dimensions450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 472.49997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z472.500472.500472.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-49.10577.624-0.001

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添付データ

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セグメンテーションマップ: #1

ファイルemd_12611_msk_1.map
投影像・断面図
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追加マップ: locally filtered map without sharpening

ファイルemd_12611_additional_1.map
注釈locally filtered map without sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Unfiltered half map 1

ファイルemd_12611_half_map_1.map
注釈Unfiltered half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half map 2

ファイルemd_12611_half_map_2.map
注釈Unfiltered half map 2
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ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promote...

全体名称: RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position
構成要素数: 25

+
構成要素 #1: タンパク質, RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed ...

タンパク質名称: RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position
組換発現: No
分子量理論値: 880 kDa

+
構成要素 #2: タンパク質, RPB1

タンパク質名称: RPB1POLR2A / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 217.450078 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #3: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase subunit beta

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 134.041422 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #4: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3ポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 31.439074 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #5: タンパク質, RPOL4c domain-containing protein

タンパク質名称: RPOL4c domain-containing protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.331255 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #6: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase II subunit E

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit Eポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.644318 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #7: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase II subunit F

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit Fポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.477001 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #8: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7ポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.314283 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #9: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.162273 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #10: タンパク質, DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9ポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.541221 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #11: タンパク質, DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

タンパク質名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5RNAポリメラーゼ
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.655123 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #12: タンパク質, RNA_pol_L_2 domain-containing protein

タンパク質名称: RNA_pol_L_2 domain-containing protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.310284 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #13: タンパク質, RNA polymerase II subunit K

タンパク質名称: RNA polymerase II subunit KRNAポリメラーゼII / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.018244 kDa
由来生物種: Pig (ブタ)

+
構成要素 #14: タンパク質, Transcription initiation factor IIB

タンパク質名称: Transcription initiation factor IIB / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.877949 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #15: nucleic-acid, Non-template DNA

核酸名称: Non-template DNA / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG) ...配列:
(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC) (DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT) (DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT) (DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)
分子量理論値: 32.911859 kDa
由来生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)

+
構成要素 #16: タンパク質, TATA-box-binding protein

タンパク質名称: TATA-box-binding protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 37.729938 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
構成要素 #17: タンパク質, General transcription factor IIF subunit 1

タンパク質名称: General transcription factor IIF subunit 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 58.343578 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #18: タンパク質, General transcription factor IIF subunit 2

タンパク質名称: General transcription factor IIF subunit 2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.427309 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #19: nucleic-acid, Template DNA

核酸名称: Template DNA / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC) (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA) ...配列:
(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC) (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC) (DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)
分子量理論値: 32.508752 kDa
由来生物種: unidentified adenovirus (ウイルス)

+
構成要素 #20: タンパク質, Transcription initiation factor IIA subunit 1

タンパク質名称: Transcription initiation factor IIA subunit 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 41.544551 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
構成要素 #21: タンパク質, Transcription initiation factor IIA subunit 2

タンパク質名称: Transcription initiation factor IIA subunit 2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.469091 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
構成要素 #22: タンパク質, General transcription factor IIE subunit 1

タンパク質名称: General transcription factor IIE subunit 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 49.516094 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #23: タンパク質, Transcription initiation factor IIE subunit beta

タンパク質名称: Transcription initiation factor IIE subunit beta / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 33.106824 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #24: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 10 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

+
構成要素 #25: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 41.1 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: OTHER

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 63190
３次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築

得られたモデル

7nvs

+
万見について

-
お知らせ

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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