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- PDB-7nvs: RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promote... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7nvs
タイトルRNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 5
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (General transcription factor IIF subunit ...) x 2
  • (Transcription initiation factor ...) x 4
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • General transcription factor IIE subunit 1
  • Non-template DNA
  • RNA polymerase II subunit K
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • RPB1
  • RPOL4c domain-containing protein
  • TATA-box-binding protein
  • Template DNA
キーワードTRANSCRIPTION / Initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / phosphatase activator activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter ...: / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / phosphatase activator activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIF complex / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / male pronucleus / female pronucleus / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / protein acetylation / cell division site / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / organelle membrane / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / acetyltransferase activity / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA polymerase II complex binding / aryl hydrocarbon receptor binding / viral transcription / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / TFIIB-class transcription factor binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. ...Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / RNA-binding domain, S1 / Gyrase A; domain 2 - #140 / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / Enzyme I; Chain A, domain 2 / TBP domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Gyrase A; domain 2 / Rpb4/RPC9 superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Cyclin-like superfamily / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / General transcription factor IIF subunit 2 / TATA-box-binding protein / General transcription factor IIE subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / General transcription factor IIF subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 1 / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
unidentified adenovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Aibara, S. / Schilbach, S. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission894862 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 39072994 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP2191 ドイツ
European Research Council (ERC)882357 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of mammalian RNA polymerase II pre-initiation complexes.
著者: Shintaro Aibara / Sandra Schilbach / Patrick Cramer /
要旨: The initiation of transcription is a focal point for the regulation of gene activity during mammalian cell differentiation and development. To initiate transcription, RNA polymerase II (Pol II) ...The initiation of transcription is a focal point for the regulation of gene activity during mammalian cell differentiation and development. To initiate transcription, RNA polymerase II (Pol II) assembles with general transcription factors into a pre-initiation complex (PIC) that opens promoter DNA. Previous work provided the molecular architecture of the yeast and human PIC and a topological model for DNA opening by the general transcription factor TFIIH. Here we report the high-resolution cryo-electron microscopy structure of PIC comprising human general factors and Sus scrofa domesticus Pol II, which is 99.9% identical to human Pol II. We determine the structures of PIC with closed and opened promoter DNA at 2.5-2.8 Å resolution, and resolve the structure of TFIIH at 2.9-4.0 Å resolution. We capture the TFIIH translocase XPB in the pre- and post-translocation states, and show that XPB induces and propagates a DNA twist to initiate the opening of DNA approximately 30 base pairs downstream of the TATA box. We also provide evidence that DNA opening occurs in two steps and leads to the detachment of TFIIH from the core PIC, which may stop DNA twisting and enable RNA chain initiation.
履歴
登録2021年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12611
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RPOL4c domain-containing protein
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
L: RNA polymerase II subunit K
M: Transcription initiation factor IIB
N: Non-template DNA
O: TATA-box-binding protein
Q: General transcription factor IIF subunit 1
R: General transcription factor IIF subunit 2
T: Template DNA
U: Transcription initiation factor IIA subunit 1
V: Transcription initiation factor IIA subunit 2
W: General transcription factor IIE subunit 1
X: Transcription initiation factor IIE subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)879,49933
ポリマ－878,82122
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 7分子 ABDKLOW

#1: タンパク質 RPB1


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 RPOL4c domain-containing protein


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4
#11: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25
#12: タンパク質 RNA polymerase II subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51
#15: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation ...TATA sequence-binding protein / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20226
#21: タンパク質 General transcription factor IIE subunit 1 / General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha ...General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / TFIIE-alpha


分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083

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DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 CEFGI

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0

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Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 MUVX

#13: タンパク質 Transcription initiation factor IIB / General transcription factor TFIIB / S300-II


分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase
#19: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 1 / General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa ...General transcription factor IIA subunit 1 / TFIIAL / Transcription initiation factor TFIIA 42 kDa subunit / TFIIA-42


分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P52655
#20: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 2 / General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIA-12 / TFIIAS / Transcription ...General transcription factor IIA subunit 2 / TFIIA p12 subunit / TFIIA-12 / TFIIAS / Transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma


分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P52657
#22: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit beta / TFIIE-beta / General transcription factor IIE subunit 2


分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29084

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 32911.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス)
#18: DNA鎖 Template DNA


分子量: 32508.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス)

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General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 QR

#16: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 1 / General transcription factor IIF 74 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit alpha ...General transcription factor IIF 74 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / TFIIF-alpha / Transcription initiation factor RAP74


分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35269
#17: タンパク質 General transcription factor IIF subunit 2 / ATP-dependent helicase GTF2F2 / General transcription factor IIF 30 kDa subunit / Transcription ...ATP-dependent helicase GTF2F2 / General transcription factor IIF 30 kDa subunit / Transcription initiation factor IIF subunit beta / TFIIF-beta / Transcription initiation factor RAP30


分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase

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非ポリマー , 2種, 11分子

#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#24: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#22 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.88 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 41.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63190 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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