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- EMDB-1470: Molecular structure of the ParM polymer and the mechanism leading... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1470
タイトルMolecular structure of the ParM polymer and the mechanism leading to its nucleotide-driven dynamic instability
マップデータA volume file of ParM filament
試料
  • 試料: ParM filament
  • タンパク質・ペプチド: ParM
キーワードGTPase (GTPアーゼ) / molecular switch / filament / ParM
機能・相同性Plasmid segregation protein ParM/StbA / : / Plasmid segregation protein ParM, N-terminal / Plasmid segregation protein ParM, C-terminal / ParM-like / plasmid partitioning / ATPase, nucleotide binding domain / identical protein binding / Plasmid segregation protein ParM
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Popp D / Narita A / Oda T / Fujisawa T / Matsuo H / Nitanai Y / Iwasa M / Maeda K / Onishi H / Maeda Y
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2008
タイトル: Molecular structure of the ParM polymer and the mechanism leading to its nucleotide-driven dynamic instability.
著者: David Popp / Akihiro Narita / Toshiro Oda / Tetsuro Fujisawa / Hiroshi Matsuo / Yasushi Nitanai / Mitsusada Iwasa / Kayo Maeda / Hirofumi Onishi / Yuichiro Maéda /
要旨: ParM is a prokaryotic actin homologue, which ensures even plasmid segregation before bacterial cell division. In vivo, ParM forms a labile filament bundle that is reminiscent of the more complex ...ParM is a prokaryotic actin homologue, which ensures even plasmid segregation before bacterial cell division. In vivo, ParM forms a labile filament bundle that is reminiscent of the more complex spindle formed by microtubules partitioning chromosomes in eukaryotic cells. However, little is known about the underlying structural mechanism of DNA segregation by ParM filaments and the accompanying dynamic instability. Our biochemical, TIRF microscopy and high-pressure SAX observations indicate that polymerization and disintegration of ParM filaments is driven by GTP rather than ATP and that ParM acts as a GTP-driven molecular switch similar to a G protein. Image analysis of electron micrographs reveals that the ParM filament is a left-handed helix, opposed to the right-handed actin polymer. Nevertheless, the intersubunit contacts are similar to those of actin. Our atomic model of the ParM-GMPPNP filament, which also fits well to X-ray fibre diffraction patterns from oriented gels, can explain why after nucleotide release, large conformational changes of the protomer lead to a breakage of intra- and interstrand interactions, and thus to the observed disintegration of the ParM filament after DNA segregation.
履歴
登録2008年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年2月19日-
マップ公開2009年3月31日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9.0672E-5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 9.0672E-5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1470.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1470.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 257.8 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A volume file of ParM filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.01 Å/pix.
x 42 pix.
= 168.462 Å		4.01 Å/pix.
x 40 pix.
= 160.44 Å		4.01 Å/pix.
x 40 pix.
= 160.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.011 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.00012 / ムービー #1: 9.07E-5
最小 - 最大-0.0000698964 - 0.000182333
平均 (標準偏差)0.00000682298 (±0.000045134)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ404042
Spacing404042
セルA: 160.44 Å / B: 160.44 Å / C: 168.462 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.0114.0114.011
M x/y/z404042
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z160.440160.440168.462
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-55-55-55
NX/NY/NZ111111111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS404042
D min/max/mean-0.0000.0000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ParM filament

全体名称: ParM filament
要素
  • 試料: ParM filament
  • タンパク質・ペプチド: ParM

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超分子 #1000: ParM filament

超分子名称: ParM filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Filament / Number unique components: 1
分子量理論値: 35 KDa

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分子 #1: ParM

分子名称: ParM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ParM / コピー数: 10 / 集合状態: Helical filament / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.14 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Hepes, 25 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT, 5 mM GMPPNP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 1.0 % uranyl acetate
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010HC
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
撮影デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 7

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画像解析

CTF補正詳細: Each filament
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EOS

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1mwm


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: situs
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. After rigid body fitting the structure was refined by energy minimization with program NAMD
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2zhc:
ParM filament

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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